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- PDB-1mb3: CRYSTAL STRUCTURE OF THE RESPONSE REGULATOR DIVK AT PH 8.5 IN COM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mb3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE RESPONSE REGULATOR DIVK AT PH 8.5 IN COMPLEX WITH MG2+
要素cell division response regulator DivK
キーワードSIGNALING PROTEIN / CELL CYCLE / RESPONSE REGULATOR / SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN / Structural Proteomics in Europe / SPINE / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polar differentiation response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Guillet, V. / Ohta, N. / Cabantous, S. / Newton, A. / Samama, J.-P. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystallographic and Biochemical Studies of DivK Reveal Novel Features of an Essential Response Regulator in Caulobacter crescentus.
著者: Guillet, V. / Ohta, N. / Cabantous, S. / Newton, A. / Samama, J.-P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Characterization and Crystallization of Divk, an Essential Response Regulator for Cell Division and Differentiation in Caulobacter Crescentus
著者: Cabantous, S. / Guillet, V. / Ohta, N. / Newton, A. / Samama, J.-P.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: An Essential Single Domain Response Regulator Required for Normal Cell Division and Differentiation in Caulobacter Crescentus
著者: Hecht, G.B. / Lane, T. / Ohta, N. / Sommer, J.M. / Newton, A.
履歴
登録2002年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cell division response regulator DivK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0832
ポリマ－14,0591
非ポリマー241
水1,13563
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.770, 41.070, 67.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 cell division response regulator DivK / Polar differentiation response regulator / DIVK RESPONSE REGULATOR


分子量: 14059.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter vibrioides (バクテリア)
遺伝子: divk / Plasmid details: PT7-7, T7 PROMOTOR / プラスミド: PZHF55 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3-PLYSS / 参照: UniProt: Q9A5I4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, hanging or sitting-drop / pH: 8.5
詳細: MES 50mM PH6.00, PEG MME 550 32% AT 285K, The Protein was Concentrated At 2 MG/ML In MES-NAOH PH 6.00 (20 mM), DTT (5 mM) And Mixed With An Equal Volume Of The Reservoir Solution Containing ...詳細: MES 50mM PH6.00, PEG MME 550 32% AT 285K, The Protein was Concentrated At 2 MG/ML In MES-NAOH PH 6.00 (20 mM), DTT (5 mM) And Mixed With An Equal Volume Of The Reservoir Solution Containing PEG MME 550 (32%), MES PH 6.00 (40 mM), DTT (5 mM). Crystal Size (300X40X40 microM3) In 20microL Sitting Drops. Crystals Transferred In Reservoir Solutions Whose PH Was Increased From 6.0 To 8.5 By Steps Of 0.5 PH Units (The Soaking Time In Each Solution Was 12 Hours). Magnesium Derivative Was Obtained By Soaking For 24 Hours Protein Crystals In The Reservoir Solution Supplemented With 20 Mm MgCl2 (PH 8.50).Crystals Were Frozen In Liquid Propane After Soaking For A Few Seconds In Peg MME 550 (50%), Tris PH 8.5 (40 Mm)., VAPOR DIFFUSION, HANGING OR SITTING-DROP
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Cabantous, S., (2002) Acta Crystallogr., Sect.D, 58, 1249.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
12 mg/mlprotein1drop
220 mMMES/NaOH1droppH6.0
35 mMdithiothreitol1drop
432 %PEG550 MME1reservoir
540 mMMES1reservoirpH6.0
65 mMdithiothreitol1reservoir
70.01 %1reservoirNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.933 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月27日
放射モノクロメーター: Si111 or Si311 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→26 Å / Num. obs: 18328 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 1.41→1.45 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 4382 / % possible all: 78.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.41 Å / 最低解像度: 26 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Num. measured all: 87226 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 81.6 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: APO-DIVK SOLVED AT PH6

解像度: 1.41→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1698 9.9 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all-18328 --
obs-18328 85 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 61.7841 Å2 / ksol: 0.337085 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 15.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.06 Å20 Å20 Å2
2---1 Å20 Å2
3----0.06 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.18 Å / Luzzati sigma a free: 0.1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数867 0 1 63 931
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.78
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.811.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.312
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.242
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.852.5
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 227 10.3 %
Rwork0.222 1983 -
obs--66.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 15533 / Rfactor Rfree: 0.214
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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