[日本語] English
万見
- PDB-1lcv: streptavidin-norbiotin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lcv
タイトルstreptavidin-norbiotin complex
要素streptavidin
キーワードUNKNOWN FUNCTION / avidin / streptavidin / biotin / biotin-analogues
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NORBIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Livnah, O. / Pazy, Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Ligand exchange between proteins: exchange of biotin and biotin derivatives between avidin and streptavidin
著者: Pazy, Y. / Kulik, T. / Bayer, E.A. / Wilchek, M. / Livnah, O.
履歴
登録2002年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: streptavidin
B: streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9904
ポリマ－25,5302
非ポリマー4612
水1,69394
1
A: streptavidin
B: streptavidin
ヘテロ分子

A: streptavidin
B: streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,9808
ポリマ－51,0594
非ポリマー9214
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area11350 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
2
A: streptavidin
B: streptavidin
ヘテロ分子

A: streptavidin
B: streptavidin
ヘテロ分子

A: streptavidin
B: streptavidin
ヘテロ分子

A: streptavidin
B: streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,96116
ポリマ－102,1198
非ポリマー1,8428
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.290, 95.320, 105.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x,y -z

-
要素

#1: タンパク質 streptavidin


分子量: 12764.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: 化合物 ChemComp-SNR / NORBIOTIN / 4-(2-OXO-HEXAHYDRO-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-4-YL)-BUTYRIC ACID


分子量: 230.284 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
14.2 mg/mlprotein1drop
212 %PEG10001reservoir
30.1 Mimidazole-malate1reservoirpH5.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日 / 詳細: short supper mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 10095 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / % possible all: 93.4
反射
*PLUS
最低解像度: 50 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.094
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.4 % / Rmerge(I) obs: 0.353 / Mean I/σ(I) obs: 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.233 483 random
Rwork0.188 --
all-9526 -
obs-9043 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 30 94 1910
精密化
*PLUS
最低解像度: 50 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.234 / Rfactor Rwork: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.26

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る