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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kx3 | ||||||
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タイトル | X-Ray Structure of the Nucleosome Core Particle, NCP146, at 2.0 A Resolution | ||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN/DNA / NUCLEOSOME / CHROMATIN / HISTONE / PROTEIN-DNA INTERACTION / NUCLEOPROTEIN / SUPERCOILED DNA / NUCLEOSOME CORE / PROTEIN-DNA COMPLEX / STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Davey, C.A. / Sargent, D.F. / Luger, K. / Maeder, A.W. / Richmond, T.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Solvent Mediated Interactions in the Structure of the Nucleosome Core Particle at 1.9 A Resolution 著者: Davey, C.A. / Sargent, D.F. / Luger, K. / Maeder, A.W. / Richmond, T.J. #1: ![]() タイトル: Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution 著者: Luger, K. / Maeder, A.W. / Richmond, R.K. / Sargent, D.F. / Richmond, T.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 346.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 265.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 40.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ
#1: DNA鎖 | 分子量: 45053.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: palindromic 146 base pair DNA duplex / 由来: (組換発現) ![]() 解説: DNA SEQUENCE SYNTHESIZED, CLONED, MULTIMERIZED, AND EXCISED FROM PLASMID 発現宿主: ![]() ![]() |
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-タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH
#2: タンパク質 | 分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 11263.231 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13907.163 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 13848.097 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 956分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#6: 化合物 | ChemComp-MN / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.85 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→99 Å / Num. all: 147830 / Num. obs: 145317 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | 解像度: 1.97→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.495 / % possible all: 84.5 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 99 Å |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 84.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1AOI 解像度: 2→6 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 952374.43 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 58.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor Rwork: 0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最低解像度: 2.07 Å / Rfactor Rfree: 0.322 / Rfactor Rwork: 0.312 |