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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1koj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of rabbit phosphoglucose isomerase complexed with 5-phospho-D-arabinonohydroxamic acid | ||||||
要素 | Glucose-6-phosphate isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / protein - inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / cytokine activity / gluconeogenesis / glycolytic process / extracellular space / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Arsenieva, D. / Hardre, R. / Salmon, L. / Jeffery, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002 タイトル: The crystal structure of rabbit phosphoglucose isomerase complexed with 5-phospho-D-arabinonohydroxamic acid. 著者: Arsenieva, D. / Hardre, R. / Salmon, L. / Jeffery, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1koj.cif.gz | 247.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1koj.ent.gz | 196.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1koj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/1koj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/1koj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1dqrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62696.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 細胞内の位置: Cytoplasmic / 組織: skeletal muscle / 参照: UniProt: Q9N1E2, glucose-6-phosphate isomerase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 14% PEG 8000, 250mM magnesium acetate, 100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 298K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 114 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月28日 |
放射 | モノクロメーター: synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 96961 / Num. obs: 96961 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 35.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 23.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 9158 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 89 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. measured all: 400188 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89 % / Num. unique obs: 9158 / Rmerge(I) obs: 0.327 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1DQR 解像度: 1.9→12 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.223 / Rfactor obs: 0.22 / Rfactor Rfree: 0.254 / Rfactor Rwork: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.335 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.307 / Rfactor obs: 0.307 |