[日本語] English
万見
- PDB-4wmj: Colias eurytheme Phosphoglucose isomerase. Homodimer from 4-5(18)... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wmj
タイトルColias eurytheme Phosphoglucose isomerase. Homodimer from 4-5(18) genotype.
要素Glucose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Glycolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain / Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain - #10 / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. ...Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain / Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain - #10 / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Colias eurytheme (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hill, J.A. / Watt, W.B.
引用ジャーナル: Thesis, Stanford University / 年: 2013
タイトル: Structure and Function of Phosphoglucose Isomerase In Colias Eurytheme
著者: Hill, J.A. / Watt, W.B. / Jardetzky, T. / Tuljapurkar, S.
履歴
登録2014年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate isomerase
B: Glucose-6-phosphate isomerase
C: Glucose-6-phosphate isomerase
D: Glucose-6-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,7534
ポリマ－247,7534
非ポリマー00
水19,6901093
1
A: Glucose-6-phosphate isomerase
B: Glucose-6-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8762
ポリマ－123,8762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12410 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area36220 Å2
手法PISA
2
C: Glucose-6-phosphate isomerase
D: Glucose-6-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,8762
ポリマ－123,8762
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12390 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area36140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.287, 115.495, 135.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Glucose-6-phosphate isomerase


分子量: 61938.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Colias eurytheme (蝶・蛾) / 遺伝子: PGI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9BZJ0, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1093 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.7 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M lithium sulfate, 22% PEG 4000, 0.2M Tris-Cl pH 7.4.

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.19 Å / Num. obs: 270174 / % possible obs: 77.68 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 8.99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOLREP位相決定
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U0E

1u0e


解像度: 1.5→41.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.507 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 14357 5 %RANDOM
Rwork0.18315 ---
obs0.1849 270174 77.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.161 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.23 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17415 0 0 1093 18508
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01917845
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.94224215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93339058
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35952211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.28524.909825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.867152974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6541560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.22663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02120410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3081.3898856
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3081.3898855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8532.0811063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8532.0811064
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4411.6228989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4411.6228990
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6232.32613153
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.4211.76621716
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.39911.60621275
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.537 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 294 -
Rwork0.4 5376 -
obs--21.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.08730.03730.07730.06710.0340.16680.02430.0143-0.0026-0.007-0.013-0.00110.01580.0307-0.01140.01650.0072-0.00250.03190.00030.0024-33.7174-2.028722.7841
20.0637-0.00650.04360.13420.00890.1560.0205-0.00670.00050.0093-0.01360.03070.0002-0.0373-0.0070.0095-0.00310.00420.0387-0.00170.008-54.52241.499334.3117
30.05760.0372-0.01080.1674-0.03680.0962-0.0142-0.00740.0073-0.01380.02920.00750.039-0.0261-0.0150.0181-0.0052-0.0070.03480.00250.0028-28.5711-10.770696.8076
40.04790.0044-0.00110.1116-0.0530.1479-0.0076-0.00610.0175-0.0050.0099-0.0286-0.0092-0.018-0.00230.00820.0072-0.00030.0289-0.00160.017-17.13669.136789.6017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 556
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 556
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 556
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 556

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る