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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kie | ||||||
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タイトル | Inosine-adenosine-guanosine preferring nucleoside hydrolase from Trypanosoma vivax: Asp10Ala mutant in complex with 3-deaza-adenosine | ||||||
![]() | inosine-adenosine-guanosine preferring nucleoside hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Rossmann-fold-like motif | ||||||
機能・相同性 | ![]() hydrolase activity, hydrolyzing N-glycosyl compounds / nucleobase-containing compound metabolic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Versees, W. / Decanniere, K. / Van Holsbeke, E. / Devroede, N. / Steyaert, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Enzyme-substrate interactions in the purine-specific nucleoside hydrolase from Trypanosoma vivax. 著者: Versees, W. / Decanniere, K. / Van Holsbeke, E. / Devroede, N. / Steyaert, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37674.973 Da / 分子数: 2 / 変異: D10A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pQE-30 (Qiagen) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NI / | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.61 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 100 mM tris, 1.6 M ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月20日 |
放射 | モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→20 Å / Num. all: 36763 / Num. obs: 36763 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 3372 / % possible all: 95.2 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.065 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.2 % / Rmerge(I) obs: 0.349 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS TO INOSINE COMPLEX, PDB ENTRY 1KIC 開始モデル: PDB ENTRY 1KIC 解像度: 2→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.1564 / Rfactor Rfree: 0.2153 / Rfactor Rwork: 0.1564 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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