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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kfy | ||||||
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タイトル | QUINOL-FUMARATE REDUCTASE WITH QUINOL INHIBITOR 2-[1-(4-CHLORO-PHENYL)-ETHYL]-4,6-DINITRO-PHENOL | ||||||
![]() | (FUMARATE REDUCTASE ...) x 4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / fumarate reductase / succinate dehydrogenase / quinone / quinol / respiration / membrane protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / succinate dehydrogenase activity / fermentation / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding ...: / succinate dehydrogenase activity / fermentation / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / bacterial-type flagellum assembly / tricarboxylic acid cycle / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA damage response / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Croal, L.R. / Cecchini, G. / Rees, D.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic studies of the Escherichia coli quinol-fumarate reductase with inhibitors bound to the quinol-binding site. 著者: Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Croal, L.R. / Cecchini, G. / Rees, D.C. #1: ![]() タイトル: Structure of the Escherichia coli Fumarate Reductase Respiratory Complex 著者: Iverson, T.M. / Luna-Chavez, C. / Cecchini, G. / Rees, D.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 395.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 320.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 816.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 911.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
-FUMARATE REDUCTASE ... , 4種, 8分子 AMBNCODP
#1: タンパク質 | 分子量: 66057.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27021.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 14898.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 13118.870 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 15分子 ![](data/chem/img/OAA.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/BRS.gif)
![](data/chem/img/CE1.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/BRS.gif)
![](data/chem/img/CE1.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | #10: 化合物 | #11: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.8 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG 5K MME, MgOAc, EDTA, Na Citrate, DTT, DNP-19, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 98 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年4月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. all: 38919 / Num. obs: 38919 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 12 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.66 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 90.8 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 50 Å / Num. measured all: 124660 / Rmerge(I) obs: 0.104 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 90.8 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 同系置換 開始モデル: PDB ENTRY 1KF6 解像度: 3.6→50 Å / σ(F): 0 / 詳細: REFMAC WAS ALSO USED IN REFINEMENT
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.6 Å / 最低解像度: 50 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.1 % / Rfactor obs: 0.264 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_bond_d / Dev ideal: 0.0165 |