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Yorodumi- PDB-3p4s: Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in comple... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3p4s | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in complex with a 3-nitropropionate adduct | ||||||
Components | (Fumarate reductase ...) x 4 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
| Function / homology | Function and homology information: / fumarate reductase complex / fermentation / succinate dehydrogenase activity / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding ...: / fumarate reductase complex / fermentation / succinate dehydrogenase activity / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / bacterial-type flagellum assembly / membrane => GO:0016020 / tricarboxylic acid cycle / FAD binding / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA damage response / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.1 Å | ||||||
Authors | Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. ...Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011Title: Geometric restraint drives on- and off-pathway catalysis by the Escherichia coli menaquinol:fumarate reductase. Authors: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / ...Authors: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3p4s.cif.gz | 848.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3p4s.ent.gz | 709.5 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3p4s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3p4s_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3p4s_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
| Data in XML | 3p4s_validation.xml.gz | 76.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 3p4s_validation.cif.gz | 102.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4s | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-Fumarate reductase ... , 4 types, 8 molecules AMBNCODP
| #1: Protein | Mass: 63477.707 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 27021.885 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 14898.773 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: CB9615/EPEC / Gene: frdC, G2583_4981 / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 13118.870 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 9 molecules 








| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-3NP / | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.97 Å3/Da / Density % sol: 69.06 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.8 Details: 10% PEG 5000 mme, 250mM MgAc, 100mM Citrate pH 5.8, 0.1% w/v DTT, 0.1mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID13 / Wavelength: 1 Å |
|---|---|
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.1→40 Å / Num. obs: 64420 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Resolution: 3.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 49.281 / SU ML: 0.41 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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| Solvent computation | Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 93.24 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.1→40 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 3.1→3.18 Å
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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