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Yorodumi- PDB-3p4q: Crystal structure of Menaquinol:oxidoreductase in complex with ox... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3p4q | ||||||
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Title | Crystal structure of Menaquinol:oxidoreductase in complex with oxaloacetate | ||||||
Components | (Fumarate reductase ...) x 4 | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / fumarate reductase (quinol) / : / succinate dehydrogenase activity / fermentation / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration ...: / fumarate reductase (quinol) / : / succinate dehydrogenase activity / fermentation / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase / succinate dehydrogenase (quinone) activity / anaerobic electron transport chain / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / bacterial-type flagellum assembly / tricarboxylic acid cycle / FAD binding / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / DNA damage response / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli 042 (bacteria) Escherichia coli 536 (bacteria) Escherichia coli DH1 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 3.35 Å | ||||||
Authors | Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. ...Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2011 Title: Geometric restraint drives on- and off-pathway catalysis by the Escherichia coli menaquinol:fumarate reductase. Authors: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / ...Authors: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3p4q.cif.gz | 839 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3p4q.ent.gz | 722 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3p4q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/3p4q | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Fumarate reductase ... , 4 types, 8 molecules AMBNCODP
#1: Protein | Mass: 63477.707 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli 042 (bacteria) / Strain: 042 / EAEC / Gene: frdA, EC042_4630 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: D3GV56, UniProt: P00363*PLUS, succinate dehydrogenase #2: Protein | Mass: 27021.885 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli 536 (bacteria) / Strain: 536 / UPEC / Gene: ECP_4399 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q0T9N6, UniProt: P0AC47*PLUS, succinate dehydrogenase #3: Protein | Mass: 14898.773 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli DH1 (bacteria) / Strain: DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / Gene: frdC, EcDH1_3838 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C9QU46, UniProt: P0A8Q0*PLUS #4: Protein | Mass: 13118.870 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli DH1 (bacteria) / Strain: DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / Gene: frdD, EcDH1_3839 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: C9QU47, UniProt: P0A8Q3*PLUS |
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-Non-polymers , 5 types, 10 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.84 Å3/Da / Density % sol: 67.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.8 Details: 12.5% PEG 5000 mme, 85mM MgAc, 100mM Citrate pH 5.8, 0.1% w/v DTT, 0.1mM EDTA, 5mM fumarate, vapor diffusion, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 3.35→50 Å / Num. obs: 47456 / % possible obs: 88.9 % / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.35→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / SU B: 55.396 / SU ML: 0.436 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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Solvent computation | Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 95.455 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.35→47.57 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.35→3.44 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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