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- PDB-3p4r: Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in comple... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3p4r | ||||||
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Title | Crystal structure of Menaquinol:fumarate oxidoreductase in complex with glutarate | ||||||
![]() | (Fumarate reductase ...) x 4 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
Function / homology | ![]() : / : / succinate dehydrogenase activity / fermentation / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding ...: / : / succinate dehydrogenase activity / fermentation / fumarate metabolic process / succinate dehydrogenase / anaerobic electron transport chain / succinate dehydrogenase (quinone) activity / anaerobic respiration / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / iron-sulfur cluster binding / bacterial-type flagellum assembly / tricarboxylic acid cycle / FAD binding / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / DNA damage response / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. ...Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankowskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Geometric restraint drives on- and off-pathway catalysis by the Escherichia coli menaquinol:fumarate reductase. Authors: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / ...Authors: Tomasiak, T.M. / Archuleta, T.L. / Andrell, J. / Luna-Chavez, C. / Davis, T.A. / Sarwar, M. / Ham, A.J. / McDonald, W.H. / Yankovskaya, V. / Stern, H.A. / Johnston, J.N. / Maklashina, E. / Cecchini, G. / Iverson, T.M. | ||||||
History |
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Others | ![]() |
-Validation report
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-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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Components
-Fumarate reductase ... , 4 types, 8 molecules AMBNCODP
#1: Protein | Mass: 63477.707 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 1-577 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: D3GV56, UniProt: P00363*PLUS, succinate dehydrogenase #2: Protein | Mass: 27021.885 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: D3GV55, UniProt: P0AC47*PLUS, succinate dehydrogenase #3: Protein | Mass: 14898.773 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 13118.870 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 10 molecules ![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/GUA.gif)
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![](data/chem/img/SF4.gif)
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![](data/chem/img/F3S.gif)
![](data/chem/img/SF4.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Chemical | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.79 Å3/Da / Density % sol: 67.58 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 5.8 Details: 14.5% PEG 8000 mme, 125mM MgAc, 95mM Citrate pH 5.8, 0.1% w/v DTT, 0.1mM EDTA, 10mM glutarate, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.03 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→40 Å / Num. obs: 88348 / % possible obs: 88.3 % / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 20.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 3.05→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 45.753 / SU ML: 0.407 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 95.85 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.05→40 Å
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LS refinement shell | Resolution: 3.05→3.129 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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