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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1kfc | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF ALPHAT183V MUTANT OF TRYPTOPHAN SYNTHASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM With Indole Propanol Phosphate | ||||||
![]() | (TRYPTOPHAN SYNTHASE ...) x 2 | ||||||
![]() | LYASE / HELIX | ||||||
機能・相同性 | ![]() tryptophan synthase / tryptophan synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kulik, V. / Weyand, M. / Siedel, R. / Niks, D. / Arac, D. / Dunn, M.F. / Schlichting, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: On the Role of AlphaTHR183 in the Allosteric Regulation and Catalytic Mechanism of Tryptophan Synthase 著者: Kulik, V. / Weyand, M. / Siedel, R. / Niks, D. / Arac, D. / Dunn, M.F. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 152.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 114.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 768.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 774.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 31.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 48.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-TRYPTOPHAN SYNTHASE ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28696.824 Da / 分子数: 1 / 変異: T183V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() Plasmid details: PSTB7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 42918.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT2 / Plasmid details: PSTB7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-非ポリマー , 4種, 674分子 






#3: 化合物 | ChemComp-IPL / |
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#4: 化合物 | ChemComp-NA / |
#5: 化合物 | ChemComp-PLP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: PEG 8000, EDTA, SPERMINE, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8345 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→91.3 Å / Num. all: 127862 / Num. obs: 122217 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 16.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.5 Å / % possible all: 91.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 312863 / Rmerge(I) obs: 0.054 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91.1 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1qop 解像度: 1.5→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 2078283.84 / Data cutoff high rms absF: 2078283.84 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.2452 Å2 / ksol: 0.390057 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 5 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.33 |