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万見
- PDB-1k7b: NMR Solution Structure of sTva47, the Viral-Binding Domain of Tva -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k7b
タイトルNMR Solution Structure of sTva47, the Viral-Binding Domain of Tva
要素SUBGROUP A ROUS SARCOMA VIRUS RECEPTOR PG800 AND PG950
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BETA HAIRPIN / 3-10 HELIX / CALCIUM BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density Lipoprotein Receptor / Low-density lipoprotein receptor domain class A / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Subgroup A Rous sarcoma virus receptor pg950
類似検索 - 構成要素
生物種Coturnix coturnix (ウズラ)
手法溶液NMR / simulated annealing with torsion angle dynamics (DYANA), molecular dynamics (AMBER)
データ登録者Tonelli, M. / Peters, R.J. / James, T.L. / Agard, D.A.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2001
タイトル: The solution structure of the viral binding domain of Tva, the cellular receptor for subgroup A avian leukosis and sarcoma virus.
著者: Tonelli, M. / Peters, R.J. / James, T.L. / Agard, D.A.
履歴
登録2001年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年2月5日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUBGROUP A ROUS SARCOMA VIRUS RECEPTOR PG800 AND PG950


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,1181
ポリマ－5,1181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SUBGROUP A ROUS SARCOMA VIRUS RECEPTOR PG800 AND PG950 / LOW DENSITY LIPOPROTEIN RECEPTOR-RELATED PROTEIN


分子量: 5118.464 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE EXTRACELLULAR VIRAL-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coturnix coturnix (ウズラ) / プラスミド: MBP-fusion PMAL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P98162

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 3D heteronuclear techniques

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試料調製

詳細内容: ~2mM sTva47 15N,13C; 50mM d3-NaAcetate; 5mM Calcium Cloride;
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 0.065 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1Variancollection
NMRPipesgi6xDelaglio解析
Sparky3Goddardデータ解析
DYANA1.5Guntert精密化
Amber6Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing with torsion angle dynamics (DYANA), molecular dynamics (AMBER)
ソフトェア番号: 1
詳細: 1016 NOE-derived restraints: 120 intra, 346 sequential, 268 medium and 282 long-range restraints. The first 5 residues (S5-G9) show only intra-residue and sequential NOE connectivites and ...詳細: 1016 NOE-derived restraints: 120 intra, 346 sequential, 268 medium and 282 long-range restraints. The first 5 residues (S5-G9) show only intra-residue and sequential NOE connectivites and were not included in our structural calculations.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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