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- PDB-1k5r: YAP65 WW domain S24-Amino-Ethylsulfanyl-Acetic Acid mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1k5r
タイトルYAP65 WW domain S24-Amino-Ethylsulfanyl-Acetic Acid mutant
要素
  • 65 KDA YES-ASSOCIATED PROTEIN
  • Fragment of WBP-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / WW domain / YAP65 / beta-sheet proteins / stability of beta sheets
機能・相同性
機能・相同性情報


enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / polarized epithelial cell differentiation / bud elongation involved in lung branching / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription ...enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / polarized epithelial cell differentiation / bud elongation involved in lung branching / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / heart process / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / intestinal epithelial cell development / tissue homeostasis / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / proline-rich region binding / Signaling by Hippo / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / organ growth / WW domain binding / negative regulation of epithelial cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / regulation of neurogenesis / somatic stem cell population maintenance / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / Nuclear signaling by ERBB4 / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / wound healing / cellular response to gamma radiation / cell morphogenesis / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
WW domain-binding protein 1-like / : / WW domain-binding protein 1 / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. ...WW domain-binding protein 1-like / : / WW domain-binding protein 1 / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional coactivator YAP1 / WW domain-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
手法溶液NMR / simulated anneling
データ登録者Ferguson, N. / Pires, J.R. / Toepert, F. / Johnson, C.M. / Pan, Y.P. / Volkmer-Engert, R. / Schneider-Mergener, J. / Daggett, V. / Oschkinat, H. / Fersht, A.R.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2001
タイトル: Using flexible loop mimetics to extend phi-value analysis to secondary structure interactions.
著者: Ferguson, N. / Pires, J.R. / Toepert, F. / Johnson, C.M. / Pan, Y.P. / Volkmer-Engert, R. / Schneider-Mergener, J. / Daggett, V. / Oschkinat, H. / Fersht, A.
履歴
登録2001年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 65 KDA YES-ASSOCIATED PROTEIN
B: Fragment of WBP-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6952
ポリマ－5,6952
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド 65 KDA YES-ASSOCIATED PROTEIN / YAP65 / yes-associated protein 65 kDa


分子量: 4710.266 Da / 分子数: 1 / 断片: WW domain, residues 5-44 / 変異: S24/Amino-ethyl-sulfanyl-acetic acid / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: P46937
#2: タンパク質・ペプチド Fragment of WBP-1


分子量: 985.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The sequence occurs naturally in humans / 参照: UniProt: Q96G27*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1222D NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1phosphate buffer 10 mM, Nacl 100mM, DTT 0.1mM, EDTA 0.1 mM, pH 6, WW domain 1.2 mM Ligand 2.4 mMH20 (10% D20)
2phosphate buffer 10 mM, Nacl 100mM, DTT 0.1mM, EDTA 0.1 mM, pH 6 WW domain, 1.2 mM Ligand 2.4 mMD2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1100 mM NaCl 61 atm288 K
2100 mM NaCl 61 atm288 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6BRUKER解析
X-PLOR3.1Brunger, A.T.精密化
ANSIG3.3Kraulis, P.J.データ解析
精密化手法: simulated anneling / ソフトェア番号: 1
詳細: 2000K, 200 RUNS, FORCE CONSTANTS FOR NOE 50 KCALMOL-1RAD-2, 590 RESTRAINTS
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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