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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1k5q | ||||||
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Title | PENICILLIN ACYLASE, MUTANT COMPLEXED WITH PAA | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / NTN-HYDROLASE FOLD / HELICES / BETA-STRANDS | ||||||
Function / homology | ![]() penicillin amidase activity / penicillin amidase / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hensgens, C.M.H. / Keizer, E. / Snijder, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural and kinetic studies on ligand binding in wild-type and active-site mutants of penicillin acylase. Authors: Alkema, W.B.L. / Hensgens, C.M.H. / Snijder, H.J. / Keizer, E. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 171.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 131.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 388.9 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 396 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 27 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 1jx9C ![]() 1k5sC ![]() 1k7dC ![]() 1kecC ![]() 1pnkS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
| ||||||||
Details | beta and alpha subunit together give the biological assembly |
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Components
#1: Protein | Mass: 23838.822 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 62367.426 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: YES Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Chemical | ChemComp-PAC / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.17 Å3/Da / Density % sol: 43.23 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 Details: MOPS BUFFER, PEG MME 2K, PAA , pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ / pH: 7.2 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
|
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: MAC Science DIP-2020 / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 1, 2000 / Details: MIRRORS |
Radiation | Monochromator: MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.34→30 Å / Num. all: 30551 / Num. obs: 28382 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 1.943 % / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 15.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.34→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.098 / % possible all: 77.5 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.34 Å / Lowest resolution: 19 Å / Num. measured all: 55158 / Rmerge(I) obs: 0.043 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 77.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1PNK Resolution: 2.34→19.03 Å / SU ML: 0.272 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.92 / Stereochemistry target values: engh&huber / Details: see remarks
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.395 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.27 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.34→19.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Highest resolution: 2.34 Å / Rfactor Rfree: 0.267 / Rfactor Rwork: 0.165 / Total num. of bins used: 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 19 Å / Rfactor Rfree: 0.218 / Rfactor Rwork: 0.163 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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