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- PDB-5fir: Crystal structure of C. elegans XRN2 in complex with the XRN2-bin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fir
タイトルCrystal structure of C. elegans XRN2 in complex with the XRN2-binding domain of PAXT-1
要素
  • 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
  • PAXT-1
キーワードHYDROLASE / 5'-3' EXORIBONUCLEASE / MIRNA TURNOVER
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of vulval development / regulation of development, heterochronic / miRNA catabolic process / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / 5'-3' RNA exonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / termination of RNA polymerase II transcription / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / mRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ ...regulation of vulval development / regulation of development, heterochronic / miRNA catabolic process / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / 5'-3' RNA exonuclease activity / 5'-3' exonuclease activity / termination of RNA polymerase II transcription / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / mRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / nucleolus / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
XRN2-binding (XTBD) domain / XRN-Two Binding Domain, XTBD / XRN2-binding (XTBD) domain profile. / 5'-3' exoribonuclease type 2 / Xrn1, N-terminal / 5'-3' exoribonuclease / Xrn1, helical domain / XRN 5'-3' exonuclease N-terminus / Xrn1 helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Partner of xrn-2 protein 1 / 5'-3' exoribonuclease 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.836 Å
データ登録者Richter, H. / Katic, I. / Gut, H. / Grosshans, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis and Function of Xrn2-Binding by Xtb Domains
著者: Richter, H. / Katic, I. / Gut, H. / Grosshans, H.
履歴
登録2015年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
B: PAXT-1
C: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
D: PAXT-1
E: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
F: PAXT-1
G: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
H: PAXT-1
I: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
J: PAXT-1
K: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
L: PAXT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)505,98139
ポリマ－503,38812
非ポリマー2,59427
水95553
1
A: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
B: PAXT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,66610
ポリマ－83,8982
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-93.9 kcal/mol
Surface area31880 Å2
手法PISA
2
C: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
D: PAXT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1865
ポリマ－83,8982
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-53.7 kcal/mol
Surface area30620 Å2
手法PISA
3
E: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
F: PAXT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3787
ポリマ－83,8982
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-59.9 kcal/mol
Surface area30660 Å2
手法PISA
4
G: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
H: PAXT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2826
ポリマ－83,8982
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2750 Å2
ΔGint-64.1 kcal/mol
Surface area30880 Å2
手法PISA
5
I: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
J: PAXT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,1865
ポリマ－83,8982
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-49.1 kcal/mol
Surface area30710 Å2
手法PISA
6
K: 5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG
L: PAXT-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2826
ポリマ－83,8982
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-64.4 kcal/mol
Surface area31050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)170.210, 200.770, 202.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.2005, -0.08958, 0.9756), (-0.9767, -0.05977, -0.2062), (0.07678, -0.9942, -0.0755)86.17, 209.4, 94.64
2given(0.08585, -0.9962, 0.01665), (0.1821, -0.000739, -0.9833), (0.97955, 0.08745, 0.1814)157.1, 90.09, -97.62
3given(0.01323, -0.9958, 0.09106), (0.9864, 0.02793, 0.1621), (-0.164, 0.08767, 0.9826)200.5, -47.47, -44.56
4given(-0.9891, 0.06433, -0.1327), (0.1322, -0.01256, -0.9911), (-0.06543, -0.9978, 0.00392)228.5, 139.2, 160.9
5given(-0.2545, -0.00338, 0.9671), (-0.02477, 0.9997, -0.003026), (-0.9667, -0.02473, -0.2545)46.48, -40.46, 166.7
6given(-0.2128, -0.17, 0.9622), (-0.9749, -0.02958, -0.2208), (0.06601, -0.985, -0.1594)92.28, 208.7, 102.3
7given(0.06128, -0.9976, -0.03204), (0.2089, 0.04421, -0.9769), (0.976, 0.05317, 0.2111)164.1, 84.52, -97.71
8given(0.01486, -0.9985, 0.05245), (0.9863, 0.02326, 0.1634), (-0.1643, 0.04931, 0.9852)203.6, -47.73, -43.44
9given(-0.9844, 0.1267, -0.1224), (0.1264, 0.02413, -0.9917), (-0.1227, -0.9916, -0.03977)223.7, 138.1, 171.1
10given(-0.2643, -0.03721, 0.9637), (0.008807, 0.9991, 0.04099), (-0.9644, 0.01932, -0.2637)49.36, -48.06, 164.8

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要素

#1: タンパク質
5'-3' EXORIBONUCLEASE 2 HOMOLOG


分子量: 74909.094 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 1-257,295-417,532-787 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
遺伝子: XRN-2, Y48B6A.3 / プラスミド: PCOLADUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9U299, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ
#2: タンパク質
PAXT-1


分子量: 8988.857 Da / 分子数: 6 / 断片: XTBD, RESIDUES 2-75 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
遺伝子: PAXT-1, CELE_R05D11.6, R05D11.6 / プラスミド: PCOLADUET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q21738
#3: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE XRN2 CONSTRUCT CONSISTS OF RESIDUES 1-257, 295-417, 532-787. NOT INCLUDED ARE RESIDUES 258-294, ...THE XRN2 CONSTRUCT CONSISTS OF RESIDUES 1-257, 295-417, 532-787. NOT INCLUDED ARE RESIDUES 258-294, 418-531, 788- 975. RESIDUES GGGR IN THE PAXT-1 CONSTRUCT COME FROM THE EXPRESSION PLASMID AFTER PROTEOLYTIC CLEAVAGE OF THE 6HIS- TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.3 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97796
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 155519 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 72.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 2.84→2.91 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.26 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / % possible all: 84.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: HOMOLOGY MODEL

解像度: 2.836→49.393 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: PAXT-1 CHAINS H,J,L ARE PARTIALLY DISORDERED OR NOT FULLY OCCUPIED IN THE CRYSTAL. THEY WERE MODELED STEREOCHEMICALLY USING NCS RESTRAINTS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 3902 2.5 %
Rwork0.1854 --
obs0.1867 155484 94.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.836→49.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33342 0 135 53 33530
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01134354
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1846576
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.66320652
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0634857
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086103
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8364-2.8710.42511270.37174012X-RAY DIFFRACTION71
2.871-2.90730.39231520.36365476X-RAY DIFFRACTION97
2.9073-2.94560.39751270.35425517X-RAY DIFFRACTION97
2.9456-2.98590.37011480.3395460X-RAY DIFFRACTION96
2.9859-3.02860.34931390.33525489X-RAY DIFFRACTION97
3.0286-3.07380.42351360.34055477X-RAY DIFFRACTION97
3.0738-3.12180.33231370.31945466X-RAY DIFFRACTION96
3.1218-3.17290.3591410.29435485X-RAY DIFFRACTION96
3.1729-3.22770.33191290.26425488X-RAY DIFFRACTION97
3.2277-3.28630.29171450.24725508X-RAY DIFFRACTION97
3.2863-3.34950.27871410.23595433X-RAY DIFFRACTION96
3.3495-3.41790.28611400.2265485X-RAY DIFFRACTION96
3.4179-3.49220.28591350.21815489X-RAY DIFFRACTION96
3.4922-3.57340.25881460.20015496X-RAY DIFFRACTION96
3.5734-3.66270.24441390.19195512X-RAY DIFFRACTION97
3.6627-3.76170.24281430.17585506X-RAY DIFFRACTION96
3.7617-3.87240.22981430.1685430X-RAY DIFFRACTION96
3.8724-3.99730.2041390.1565473X-RAY DIFFRACTION96
3.9973-4.14010.19991420.14515479X-RAY DIFFRACTION95
4.1401-4.30580.22571370.14415479X-RAY DIFFRACTION96
4.3058-4.50160.19761410.1325466X-RAY DIFFRACTION95
4.5016-4.73880.16421430.12655413X-RAY DIFFRACTION94
4.7388-5.03540.18891460.1355464X-RAY DIFFRACTION95
5.0354-5.42380.21351400.14625455X-RAY DIFFRACTION95
5.4238-5.96870.21711410.16185443X-RAY DIFFRACTION94
5.9687-6.83050.23031360.16965449X-RAY DIFFRACTION93
6.8305-8.59830.19361300.16825404X-RAY DIFFRACTION92
8.5983-49.40090.19411390.15785328X-RAY DIFFRACTION88
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4380.1957-0.42083.1865-0.78311.5248-0.12140.15230.19320.25780.01760.33-0.2349-0.1480.10820.4387-0.01310.07990.53340.03230.5876100.79829.06286.4245
22.3903-1.9052-0.76522.0186-0.86857.62220.03690.65120.1378-0.3728-0.3706-0.54430.13550.14270.3020.7701-0.27920.05050.84840.28960.9736122.959450.873769.388
31.4480.16110.92391.9201-0.27211.8808-0.03580.096-0.1933-0.01720.06350.13860.036-0.0347-0.02660.2639-0.04790.09020.5240.06330.4989147.638791.463266.9307
47.53430.13530.72696.65340.6765.7411-0.21480.2718-0.095-0.32660.19251.10030.6705-0.8672-0.04760.725-0.2577-0.23340.7688-0.01240.97124.546472.061549.1899
52.2114-0.80240.20241.30120.34241.1835-0.1069-0.0555-0.0231-0.00380.04340.3466-0.0804-0.24570.03050.40640.0284-0.10780.4963-0.04830.5275138.282723.483919.2627
60.81240.31871.96236.76680.21545.025-0.5658-0.43540.37880.12340.10150.4128-0.6754-0.72080.3810.71120.26020.05781.0439-0.28411.0428118.608144.714439.6637
72.940.96580.7651.86820.21190.8296-0.20650.36540.3765-0.36880.08430.4695-0.202-0.07510.07160.4704-0.0255-0.0620.55990.04390.419180.678666.65826.3322
81.6533-0.13792.45040.8928-1.61555.8537-0.23370.91710.961-0.919-0.18010.6472-0.59150.00620.25881.36640.2156-0.68441.39310.37791.8863158.312986.05857.6731
91.0462-0.0693-0.23862.008-0.59132.51310.04630.42550.2794-0.8704-0.0409-0.1498-0.21340.0321-0.01720.86560.04490.10890.62780.12840.5289119.261366.5538125.7031
104.92650.8102-0.13453.50461.1550.43820.37531.11320.8993-0.53480.16380.4353-0.3067-0.4941-0.50812.03990.2801-0.33991.47990.53161.193100.613384.9529102.5973
111.0798-0.6073-0.49332.6851.10431.9270.25140.34230.0719-0.5197-0.31890.4822-0.3542-0.4431-0.01580.45390.1629-0.09170.7008-0.04610.6328104.2946-14.099146.5902
126.3641-1.3690.54541.43650.56710.46030.0880.17020.4241-0.5104-0.12550.4885-0.5498-1.04980.02441.63520.7659-0.43381.77430.13451.514782.25986.705228.8841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN 'A' AND RESID 4 THROUGH 787)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN 'B' AND RESID 1 THROUGH 73)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN 'C' AND RESID 4 THROUGH 787)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN 'D' AND RESID 2 THROUGH 72)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN 'E' AND RESID 4 THROUGH 787)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN 'F' AND RESID 1 THROUGH 72)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN 'G' AND RESID 4 THROUGH 787)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN 'H' AND RESID 3 THROUGH 71)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN 'I' AND RESID 4 THROUGH 787)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN 'J' AND RESID 6 THROUGH 72)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN 'K' AND RESID 4 THROUGH 787)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN 'L' AND RESID 3 THROUGH 71)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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