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- PDB-4pel: S1C mutant of Penicillin G acylase from Kluyvera citrophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pel
タイトルS1C mutant of Penicillin G acylase from Kluyvera citrophila
要素
  • Penicillin G acylase subunit alpha
  • Penicillin G acylase subunit beta
キーワードHYDROLASE / Ntn hydrolase / PGA / slow processing
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin amidase activity / penicillin amidase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #150 / Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase ...Helix Hairpins - #150 / Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin G acylase / Penicillin G acylase
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyvera cryocrescens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Ramasamy, S. / Chand, D. / Varshney, N.K. / Brannigan, J.A. / Wilkinson, A.J. / Suresh, C.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Penicillin G acylase
著者: Ramasamy, S. / Chand, D. / Wilkinson, A.J. / Brannigan, J.A. / Varshney, N.K. / Suresh, C.G.
履歴
登録2014年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Penicillin G acylase subunit alpha
B: Penicillin G acylase subunit beta
C: Penicillin G acylase subunit alpha
D: Penicillin G acylase subunit beta
E: Penicillin G acylase subunit alpha
F: Penicillin G acylase subunit beta
G: Penicillin G acylase subunit alpha
H: Penicillin G acylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)351,60212
ポリマ－351,4418
非ポリマー1604
水61334
1
A: Penicillin G acylase subunit alpha
B: Penicillin G acylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9003
ポリマ－87,8602
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13230 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area28310 Å2
手法PISA
2
C: Penicillin G acylase subunit alpha
D: Penicillin G acylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9003
ポリマ－87,8602
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13250 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area28510 Å2
手法PISA
3
E: Penicillin G acylase subunit alpha
F: Penicillin G acylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9003
ポリマ－87,8602
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13230 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
4
G: Penicillin G acylase subunit alpha
H: Penicillin G acylase subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9003
ポリマ－87,8602
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13290 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.260, 96.260, 100.206
Angle α, β, γ (deg.)69.27, 69.27, 76.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22E
13A
23G
14B
24D
15B
25F
16B
26H
17C
27E
18C
28G
19D
29F
110D
210H
111E
211G
112F
212H

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROALAALAAA3 - 19629 - 222
21PROPROALAALACC3 - 19629 - 222
12PROPROALAALAAA3 - 19629 - 222
22PROPROALAALAEE3 - 19629 - 222
13PROPROALAALAAA3 - 19629 - 222
23PROPROALAALAGG3 - 19629 - 222
14CYSCYSARGARGBB1 - 5571 - 557
24CYSCYSARGARGDD1 - 5571 - 557
15CYSCYSARGARGBB1 - 5571 - 557
25CYSCYSARGARGFF1 - 5571 - 557
16CYSCYSARGARGBB1 - 5571 - 557
26CYSCYSARGARGHH1 - 5571 - 557
17PROPROALAALACC3 - 19629 - 222
27PROPROALAALAEE3 - 19629 - 222
18PROPROALAALACC3 - 19629 - 222
28PROPROALAALAGG3 - 19629 - 222
19CYSCYSARGARGDD1 - 5571 - 557
29CYSCYSARGARGFF1 - 5571 - 557
110CYSCYSARGARGDD1 - 5571 - 557
210CYSCYSARGARGHH1 - 5571 - 557
111PROPROALAALAEE3 - 19629 - 222
211PROPROALAALAGG3 - 19629 - 222
112CYSCYSARGARGFF1 - 5571 - 557
212CYSCYSARGARGHH1 - 5571 - 557

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

-
要素

#1: タンパク質
Penicillin G acylase subunit alpha / Penicillin G amidase / Penicillin amidohydrolase


分子量: 24887.352 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-222 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyvera cryocrescens (バクテリア)
遺伝子: pac / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07941, penicillin amidase
#2: タンパク質
Penicillin G acylase subunit beta / Penicillin G amidase / Penicillin amidohydrolase


分子量: 62972.996 Da / 分子数: 4 / Mutation: S1C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Kluyvera cryocrescens (バクテリア)
遺伝子: pac / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG
参照: UniProt: P07941, UniProt: A0A068F6N5*PLUS, penicillin amidase
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Na cacodylate 50mM pH 5.6 Peg 4000 16% (w/v) Na thiocyante 0.5 M NaCl 50 mM Isoproponal 10% (v/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 68030 / % possible obs: 88.4 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E3A

1e3a


解像度: 2.8→38.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.887 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.452 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25142 3420 5 %RANDOM
Rwork0.21385 ---
obs0.21577 64608 88.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å2-1.54 Å2-1.2 Å2
2---0.48 Å2-0.82 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23696 0 4 34 23734
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224364
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.0222400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4031.93133172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.663351508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2752996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.39724.5581176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.332153812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0115120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.23464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02128196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.025876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9244.69712004
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9244.69712003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.667.0414992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.667.04114993
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.234.97412360
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.234.97412361
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1997.34218181
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.07638.08328128
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.07538.08428129
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A101130.13
12C101130.13
21A102700.12
22E102700.12
31A103080.13
32G103080.13
41B302810.12
42D302810.12
51B309680.1
52F309680.1
61B304610.12
62H304610.12
71C101370.13
72E101370.13
81C102350.12
82G102350.12
91D306170.11
92F306170.11
101D302530.12
102H302530.12
111E104740.11
112G104740.11
121F308090.11
122H308090.11
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 272 -
Rwork0.327 4636 -
obs--85.91 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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