+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1kec | ||||||
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Title | PENICILLIN ACYLASE MUTANT WITH PHENYL PROPRIONIC ACID | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / NTN-HYDROLASE FOLD / HELICES / BETA-STRANDS / PHENYL PROPRIONIC ACID | ||||||
Function / homology | Function and homology information penicillin amidase activity / penicillin amidase / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Hensgens, C.M.H. / Keizer, E. / Snijder, H.J. / Dijkstra, B.W. | ||||||
Citation | Journal: Protein Eng.Des.Sel. / Year: 2004 Title: Structural and kinetic studies on ligand binding in wild-type and active-site mutants of penicillin acylase. Authors: Alkema, W.B.L. / Hensgens, C.M.H. / Snijder, H.J. / Keizer, E. / Dijkstra, B.W. / Janssen, D.B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1kec.cif.gz | 175 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1kec.ent.gz | 133.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1kec.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 1kec_validation.pdf.gz | 393 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 1kec_full_validation.pdf.gz | 403.7 KB | Display | |
Data in XML | 1kec_validation.xml.gz | 16.6 KB | Display | |
Data in CIF | 1kec_validation.cif.gz | 28.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1kec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/1kec | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1jx9C 1k5qC 1k5sC 1k7dC 1pnkS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23854.822 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F146Y Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: PAC / Plasmid: PEC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HB101 / References: UniProt: P06875, penicillin amidase |
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#2: Protein | Mass: 62443.520 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: V148L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: PAC / Plasmid: PEC / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HB101 / References: UniProt: P06875, penicillin amidase |
#3: Chemical | ChemComp-CA / |
#4: Chemical | ChemComp-GRO / |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.36 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.2 / Details: pH 7.20, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP | ||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 4 ℃ / pH: 7.2 / Method: vapor diffusion, hanging drop | ||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 120 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: ENRAF-NONIUS FR591 / Wavelength: 1.5418 / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: MACSCIENCE / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jan 1, 2000 / Details: MIRRORS |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→30 Å / Num. all: 32375 / Num. obs: 30886 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 2.182 % / Biso Wilson estimate: 27.2 Å2 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 10.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Rsym value: 0.173 / % possible all: 92.7 |
Reflection | *PLUS Highest resolution: 2.28 Å / Lowest resolution: 30 Å / Num. obs: 30372 / % possible obs: 95.1 % / Num. measured all: 67386 / Rmerge(I) obs: 0.082 |
Reflection shell | *PLUS Highest resolution: 2.28 Å / Lowest resolution: 2.36 Å / % possible obs: 92.7 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1PNK Resolution: 2.3→19.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 7.061 / SU ML: 0.175 / Isotropic thermal model: iostropic / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.523 / ESU R Free: 0.228 / Stereochemistry target values: engh & Huber
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 15.691 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→19.14 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Highest resolution: 2.3 Å / Rfactor Rfree: 0.228 / Rfactor Rwork: 0.159 / Total num. of bins used: 20 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Software | *PLUS Version: 5 / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement | *PLUS Lowest resolution: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.207 / Rfactor Rwork: 0.151 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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