PDB-1h2g: Altered substrate specificity mutant of penicillin acylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h2g

タイトル

Altered substrate specificity mutant of penicillin acylase

要素

PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT
PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT

キーワード

HYDROLASE / AMIDOHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ALTERED SPECIFICITY / ZYMOGEN

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin amidase activity / penicillin amidase / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

McVey, C.E. / Morillas, M. / Brannigan, J.A. / Ladurner, A.G. / Forney, L.J. / Virden, R.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003
タイトル: Mutations of Penicillin Acylase Residue B71 Extend Substrate Specificity by Decreasing Steric Constraints for Substrate Binding
著者: Morillas, M. / Mcvey, C.E. / Brannigan, J.A. / Ladurner, A.G. / Forney, L.J. / Virden, R.

履歴

登録	2002年8月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h2g.cif.gz	177.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h2g.ent.gz	137.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h2g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h2g_validation.pdf.gz	450.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h2g_full_validation.pdf.gz	456.6 KB	表示
XML形式データ	1h2g_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	1h2g_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/1h2g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/1h2g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pnkS 1ai4 1ai5 1ai6 1ai7 1ajn 1ajp 1ajq 1cp9 1e3a 1fxh 1fxv 1gk9 1gkf 1gm7 1gm8 1gm9 1pnl 1pnm S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1fxv-d 1ajn-d 1k5q-d 4pel-3 1k5s-d 1gkf-d 1pnk-d 1ajq-d 1ai6-d 1pnm-d 1fxh-d 1ai4-d 1gk9-d 4pel-1 1kec-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT

B: PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT

ヘテロ分子

86.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.020, 64.230, 70.670
Angle α, β, γ (deg.)	70.58, 72.81, 73.84
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT / PENICILLIN AMIDOHYDROLASE / PENICILLIN G AMIDASE 分子量: 23838.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PACYC184PAC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06875, penicillin amidase
#2: タンパク質	PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT / PENICILLIN AMIDOHYDROLASE / PENICILLIN G AMIDASE 分子量: 62395.480 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENGINEERED MUTATION PHE 360 LEU / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PACYC184PAC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06875, penicillin amidase
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.9 %

結晶化

pH: 7.2 / 詳細: 50MM MOPS PH 7.2, 12% MME PEG2K, STREAK-SEEDING

結晶化

*PLUS

pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	11 mg/ml	protein	1	drop
2	11 %(w/v)	PEG2000 MME	1	drop
3	50 mM	MOPS	1	drop	pH7.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→20 Å / Num. obs: 50677 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2→2.43 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 80
反射	PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 19.8 Å / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 102704 / R_merge(I) obs*: 0.04
反射シェル	PLUS % possible obs: 80 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs*: 7.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.0.36	精密化
DENZO		データ削減
Agrovata		データスケーリング
ROTAVATA		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PNK

1pnk

解像度: 2→19.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 10.31 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	2536	5 %	RANDOM
R_work	0.152	-	-	-
obs	-	48141	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.37 Å²	0.46 Å²	0.09 Å²
2-	-	-0.63 Å²	1.09 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6061	0	17	596	6674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	6259
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5410
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.683	1.921	8527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.854	3	12617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.368	3	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.99	15	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7053
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.326	0.3	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.3	5328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	1.127	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.08	0.5	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.294	0.3	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.149	0.5	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.091	2	3804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.8	3	6136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.112	2	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.788	3	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.214	128
R_work	0.164	2635

精密化

*PLUS

最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 19.8 Å / Num. reflection obs: 48181 / % reflection R_free: 5 % / R_factor R_free: 0.0194 / R_factor R_work: 0.0152

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.013
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.7

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)