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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1jg0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Escherichia coli thymidylate synthase complexed with 2'-deoxyuridine-5'-monophosphate and N,O-didansyl-L-tyrosine | ||||||
![]() | thymidylate synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / thymidylate synthase / didansyl tyrosine | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fritz, T.A. / Tondi, D. / Finer-Moore, J.S. / Costi, M.P. / Stroud, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Predicting and harnessing protein flexibility in the design of species-specific inhibitors of thymidylate synthase. 著者: Fritz, T.A. / Tondi, D. / Finer-Moore, J.S. / Costi, M.P. / Stroud, R.M. #1: ![]() タイトル: Structure-based discovery and in- parallel optimization of novel competitive inhibitors of thymidylate synthase | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 126.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 104.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 601.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 617.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1synS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30387.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.89 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 18-20% PEG 4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, 5 mM dithiothreitol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月26日 |
放射 | モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.42 Å / Num. all: 41243 / Num. obs: 41069 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 15.8 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 4.06 / Num. unique all: 4040 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 333240 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1SYN WITH WATER AND LIGANDS REMOVED FROM THE MODEL 解像度: 2→27.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2140489.74 / Data cutoff high rms absF: 2140489.74 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.03 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3.7 % / Rfactor obs: 0.212 / Rfactor Rfree: 0.25 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.6 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.321 / % reflection Rfree: 3.6 % / Rfactor Rwork: 0.282 |