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- PDB-4fog: Crystal Structure of Mtb ThyA in Complex with 5-Fluoro-dUMP and 5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fog
タイトルCrystal Structure of Mtb ThyA in Complex with 5-Fluoro-dUMP and 5-methyltetrahydrofolic acid
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / thymidylate synthase
機能・相同性
機能・相同性情報


dUMP catabolic process / thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / response to antibiotic / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase ThyA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Harshbarger, W. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of binary and ternary complexes of thymidylate synthase (ThyA) from Mycobacterium tuberculosis: Insights into the selectivity and mode of inhibition
著者: Reddy, M.C.M. / Bruning, J.B. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2012年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,22211
ポリマ－119,5394
非ポリマー2,6837
水5,368298
1
A: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,3416
ポリマ－59,7702
非ポリマー1,5714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
2
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8815
ポリマ－59,7702
非ポリマー1,1123
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.328, 82.317, 125.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 29884.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT2834, MTV002.29c, Rv2764c, thyA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P67044, UniProt: P9WFR9*PLUS, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-UFP / 5-FLUORO-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE


タイプ: DNA linking / 分子量: 326.172 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12FN2O8P
#3: 化合物 ChemComp-C2F / 5-METHYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLIC ACID


分子量: 459.456 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H25N7O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 298 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.4
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M imidazole pH 6.4, 5mM spermine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月12日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.16 % / 数: 278963 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1 / D res high: 2.4 Å / D res low: 48.65 Å / Num. obs: 53664 / % possible obs: 98
Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsChi squaredRedundancyRejects
5.1748.6598.80.050.785.12649
4.15.1799.10.0520.85.24290
3.584.198.80.080.935.09484
3.263.5898.40.1090.935.13270
3.023.2698.40.1711.015.21112
2.853.02980.2291.065.1958
2.72.8597.70.2931.095.1947
2.592.797.20.3861.185.09143
2.492.5997.20.3951.125.1622
2.42.4996.70.4461.145.1618
反射解像度: 2.4→48.65 Å / Num. obs: 53664 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.16 % / Biso Wilson estimate: 44.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 5.16 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
d*TREK9.7 W8RSSIデータ削減
PHASER位相決定
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QJ7

3qj7


解像度: 2.4→42.94 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / SU ML: 0.38 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.9 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 2712 5.07 %
Rwork0.211 --
obs0.214 53498 97.8 %
all-53498 -
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.66 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.639 Å2-0 Å2-1.6528 Å2
2---0.6105 Å20 Å2
3---7.2496 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8272 0 183 298 8753
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14811998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6423210
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751241
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061522
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.44370.3051470.24952621X-RAY DIFFRACTION97
2.4437-2.49070.33361370.25922665X-RAY DIFFRACTION97
2.4907-2.54150.29881400.26642620X-RAY DIFFRACTION97
2.5415-2.59680.34811200.27062652X-RAY DIFFRACTION97
2.5968-2.65720.35131300.27822686X-RAY DIFFRACTION97
2.6572-2.72360.30161480.26252618X-RAY DIFFRACTION97
2.7236-2.79720.29921520.26422657X-RAY DIFFRACTION98
2.7972-2.87950.32551460.25422652X-RAY DIFFRACTION98
2.8795-2.97240.29811410.25372669X-RAY DIFFRACTION98
2.9724-3.07860.33581570.25292659X-RAY DIFFRACTION98
3.0786-3.20190.31451440.24322663X-RAY DIFFRACTION98
3.2019-3.34750.29951480.22962677X-RAY DIFFRACTION98
3.3475-3.52390.27381560.22412687X-RAY DIFFRACTION98
3.5239-3.74460.28331300.222713X-RAY DIFFRACTION98
3.7446-4.03350.2611300.20782696X-RAY DIFFRACTION99
4.0335-4.43910.22041490.16852715X-RAY DIFFRACTION99
4.4391-5.08050.18811510.1582715X-RAY DIFFRACTION99
5.0805-6.39760.20131350.1852736X-RAY DIFFRACTION99
6.3976-42.94580.21691510.17752685X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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