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Yorodumi- PDB-7jxf: E. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate d... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jxf | ||||||
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Title | E. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate diastereomer analog | ||||||
Components | Thymidylate synthase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / non covalent intermediate / half-sites activity / TMP synthesis / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Finer-Moore, J. / Kholodar, S.A. / Stroud, R.M. / Kohen, A. / Moliner, V. / Swiderek, K. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2021 Title: Caught in Action: X-ray Structure of Thymidylate Synthase with Noncovalent Intermediate Analog. Authors: Kholodar, S.A. / Finer-Moore, J.S. / Swiderek, K. / Arafet, K. / Moliner, V. / Stroud, R.M. / Kohen, A. #1: Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2018 Title: Parallel reaction pathways and noncovalent intermediates in thymidylate synthase revealed by experimental and computational tools. Authors: Kholodar, S.A. / Ghosh, A.K. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Kohen, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jxf.cif.gz | 435.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7jxf.ent.gz | 298.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jxf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jxf_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7jxf_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 7jxf_validation.xml.gz | 29.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7jxf_validation.cif.gz | 41.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/7jxf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/7jxf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7jx1C 6nnrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30559.666 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: thyA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A029ILG4, thymidylate synthase |
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-Non-polymers , 5 types, 416 molecules
#2: Chemical | ChemComp-5HU / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-VMV / | ||||
#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-VNM / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.63 % / Description: hexagonal rods |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.1 Details: 8mg/ml protein, 3.3 mM inhibitor, 5mM DTT against 1.35 M NaCitrate, 0.1 M Hepes, pH7.1 PH range: 7.1-7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.116 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 3, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double Xtal SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.116 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.5→108.64 Å / Num. obs: 88818 / % possible obs: 92.7 % / Redundancy: 15.738 % / Biso Wilson estimate: 25.38 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 1.062 / Net I/σ(I): 26.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6NNR Resolution: 1.5→108.64 Å / SU ML: 0.1819 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.8028 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.61 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→108.64 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -8.29559278027 Å / Origin y: 39.5249463849 Å / Origin z: 11.6949774646 Å
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Refinement TLS group | Selection details: ALL |