[English] 日本語
Yorodumi- PDB-7jx1: E. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate analog -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7jx1 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | E. coli TSase complex with a bi-substrate reaction intermediate analog | ||||||
Components | Thymidylate synthase | ||||||
Keywords | BIOSYNTHETIC PROTEIN / non covalent intermediate / half-sites activity / TMP synthesis / inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.82 Å | ||||||
Authors | Finer-Moore, J. / Kholodar, S.A. / Stroud, R.M. / Kohen, A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2021 Title: Caught in Action: X-ray Structure of Thymidylate Synthase with Noncovalent Intermediate Analog. Authors: Kholodar, S.A. / Finer-Moore, J.S. / Swiderek, K. / Arafet, K. / Moliner, V. / Stroud, R.M. / Kohen, A. #1: Journal: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / Year: 2018 Title: Parallel reaction pathways and noncovalent intermediates in thymidylate synthase revealed by experimental and computational tools. Authors: Kholodar, S.A. / Ghosh, A.K. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Kohen, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7jx1.cif.gz | 429.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7jx1.ent.gz | 295.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7jx1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7jx1_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7jx1_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 7jx1_validation.xml.gz | 27.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7jx1_validation.cif.gz | 38.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/7jx1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jx/7jx1 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7jxfC 6nnrS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30559.666 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: thyA / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A029ILG4, thymidylate synthase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 267 molecules
#2: Chemical | ChemComp-VLA / |
---|---|
#3: Chemical | ChemComp-TMP / |
#4: Chemical | ChemComp-VLD / ( |
#5: Chemical | ChemComp-PO4 / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.27 % / Description: hexagonal rods |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 5.5 mg/ml protein, 3.3 mM inhibitor and 5 mM DTT against 1.3M NaCitrate, 0.1M Hepes pH7.5 PH range: 7.1-7.6 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 173 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.116 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 19, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal SI(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.116 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.82→109.1 Å / Num. obs: 53762 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 17.738 % / Biso Wilson estimate: 35.33 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.112 / Net I/σ(I): 17.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6NNR Resolution: 1.82→109.1 Å / SU ML: 0.2555 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 21.4574 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 43.84 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.82→109.1 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -30.2851564271 Å / Origin y: 27.1076045271 Å / Origin z: -11.3719295773 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Selection details: all |