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Yorodumi- PDB-4isk: Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and th... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4isk | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of E.coli thymidylate synthase with dUMP and the BGC 945 inhibitor | ||||||
Components | Thymidylate synthase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / alpha/beta protein / methylase / METHYLTRANSFERASE / dUMP subtrate / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationthymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / response to radiation / regulation of translation / methylation / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / RNA binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.752 Å | ||||||
Authors | Tochowicz, A. / Finer-Moore, J. / Stroud, R.M. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2013Title: Development and Binding Mode Assessment of N-[4-[2-Propyn-1-yl[(6S)-4,6,7,8-tetrahydro-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-3H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl]amino]benzoyl]-l-gamma-glutamyl-d-glutamic Acid ...Title: Development and Binding Mode Assessment of N-[4-[2-Propyn-1-yl[(6S)-4,6,7,8-tetrahydro-2-(hydroxymethyl)-4-oxo-3H-cyclopenta[g]quinazolin-6-yl]amino]benzoyl]-l-gamma-glutamyl-d-glutamic Acid (BGC 945), a Novel Thymidylate Synthase Inhibitor That Targets Tumor Cells. Authors: Tochowicz, A. / Dalziel, S. / Eidam, O. / O'Connell, J.D. / Griner, S. / Finer-Moore, J.S. / Stroud, R.M. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4isk.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4isk.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4isk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4isk_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4isk_full_validation.pdf.gz | 4.6 MB | Display | |
| Data in XML | 4isk_validation.xml.gz | 109.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 4isk_validation.cif.gz | 136 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/4isk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/is/4isk | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 8 molecules ABCDEFGH
| #1: Protein | Mass: 30559.666 Da / Num. of mol.: 8 / Fragment: Transferase Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1023 molecules 








| #2: Chemical | | #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-1JY / #5: Chemical | ChemComp-UMC / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.12 Å3/Da / Density % sol: 42.1 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion / pH: 7.9 Details: 20-21% PEG 8000, 0.1 M TRIS, 0.2 M MgCl2, 5 mM DDT, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 273 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.115869 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Nov 18, 2011 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.115869 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.75→30 Å / Num. all: 202076 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 2.98 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 8.79 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.752→29.812 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.99 / Phase error: 25.5 / Stereochemistry target values: MLDetails: RESIDUES WITH ZERO OCCUPANCY COULD NOT BE FIT TO THE DENSITY AND WERE ONLY INCLUDED AS PLACE HOLDERS
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters |
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.752→29.812 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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