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- PDB-1iwp: Glycerol Dehydratase-cyanocobalamin Complex of Klebsiella pneumoniae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iwp
タイトルGlycerol Dehydratase-cyanocobalamin Complex of Klebsiella pneumoniae
要素(Glycerol Dehydratase ...) x 3
キーワードLYASE / B12 / GLYCEROL DEHYDRATASE / KLEBSIELLA PNEUMONIAE / COBALAMIN / RADICAL CATALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol dehydratase / glycerol dehydratase activity / propanediol dehydratase / propanediol dehydratase activity / cobalamin binding
類似検索 - 分子機能
Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit ...Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Hypothetical Protein Yqey; Chain: A; domain1 / Diol/glycerol dehydratase, large subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, medium subunit / Propanediol/glycerol dehydratase, small subunit superfamily / Diol/glycerol dehydratase, large subunit superfamily / Dehydratase large subunit / Dehydratase small subunit / Diol/glycerol dehydratase/dehydratase reactivating factor / Dehydratase medium subunit / B12-dependent dehydatase associated subunit / B12-dependent dehydratases, beta subunit / Cobalamin (vitamin B12)-dependent enzyme, catalytic / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / : / S-1,2-PROPANEDIOL / Glycerol dehydrase beta subunit / Glycerol dehydrase gamma subunit / Glycerol dehydrase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yamanishi, M. / Yunoki, M. / Tobimatsu, T. / Toraya, T.
引用ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of coenzyme B12-dependent glycerol dehydratase in complex with cobalamin and propane-1,2-diol.
著者: Yamanishi, M. / Yunoki, M. / Tobimatsu, T. / Sato, H. / Matsui, J. / Dokiya, A. / Iuchi, Y. / Oe, K. / Suto, K. / Shibata, N. / Morimoto, Y. / Yasuoka, N. / Toraya, T.
履歴
登録2002年5月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycerol Dehydratase Alpha subunit
B: Glycerol Dehydratase Beta subunit
G: Glycerol Dehydratase Gamma subunit
L: Glycerol Dehydratase Alpha subunit
E: Glycerol Dehydratase Beta subunit
M: Glycerol Dehydratase Gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,34812
ポリマ－196,4576
非ポリマー2,8916
水15,871881
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26360 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area52250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.380, 108.223, 113.141
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Glycerol Dehydratase ... , 3種, 6分子 ALBEGM

#1: タンパク質 Glycerol Dehydratase Alpha subunit / glycerol dehydrase alpha subunit


分子量: 60714.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: ATCC 25955 / プラスミド: pUSI2E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59476, glycerol dehydratase
#2: タンパク質 Glycerol Dehydratase Beta subunit / glycerol dehydrase beta subunit


分子量: 21385.490 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: ATCC 25955 / プラスミド: pUSI2E, pET19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O08505, glycerol dehydratase
#3: タンパク質 Glycerol Dehydratase Gamma subunit / glycerol dehydrase gamma subunit


分子量: 16128.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: ATCC 25955 / プラスミド: pUSI2E / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59475, glycerol dehydratase

-
非ポリマー , 4種, 887分子

#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-PGO / S-1,2-PROPANEDIOL / (S)-1,2-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#6: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 881 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 277 K / 手法: vapor diffusion (sandwitch drop) / pH: 8
詳細: 20mM Tris-HCl, 15% PEG6000, 0.2M Na2SO4, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION (Sandwitch Drop), temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: sandwich-drop vapor diffusion / 詳細: Shibata, N., (1999) Structure, 7, 997.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 %(w/v)PEG60001reservoir
20.24 Mammonium sulfate1reservoir
320 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL40B2 / 波長: 0.816 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2001年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.816 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.175 Å / Num. all: 130797 / Num. obs: 130797 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3 % / % possible all: 97.6
反射
*PLUS
Num. obs: 130635 / Num. measured all: 958394 / Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.38

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB id, 1DIO

1dio


解像度: 2.1→45 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 11285 10 %random
Rwork0.209 ---
all-113515 --
obs-113453 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 28.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.671 Å20 Å22.061 Å2
2---3.285 Å20 Å2
3---12.956 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13556 0 194 881 14631
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0063
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.32008
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.48409
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88607
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3036 1151 10.16 %
Rwork0.2606 10179 -
精密化
*PLUS
最低解像度: 45 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.248 / Rfactor Rwork: 0.208
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.48409
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.88607
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.3036 / Rfactor Rwork: 0.2606

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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