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万見
- PDB-1ihd: Crystal Structure of Trigonal Form of D90E Mutant of Escherichia ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ihd
タイトルCrystal Structure of Trigonal Form of D90E Mutant of Escherichia coli Asparaginase II
要素L-asparaginase II
キーワードHYDROLASE / L-asparaginase / leukemia
機能・相同性
機能・相同性情報


L-asparagine catabolic process / asparaginase / asparaginase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein homotetramerization / periplasmic space / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. ...L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Borek, D. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of active site mutant of antileukemic L-asparaginase reveals conserved zinc-binding site.
著者: Borek, D. / Kozak, M. / Pei, J. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli L-asparaginase, An Enzyme Used in Cancer Therapy
著者: Swain, A.L. / Jaskolski, M. / Housset, D. / Rao, J.K. / Wlodawer, A.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996
タイトル: A Covalently Bound Catalytic Intermediate in Escherichia coli Asparaginase: Crystal Structure of a Thr-89-Val Mutant
著者: Palm, G.J. / Lubkowski, J. / Derst, C. / Schleper, S. / Rohm, K.H. / Wlodawer, A.
#3: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2001
タイトル: Structures of Two Highly Homologous Bacterial L-Asparaginases: A Case of Enantiomorphic Space Groups
著者: Jaskolski, M. / Kozak, M. / Lubkowski, J. / Palm, G. / Wlodawer, A.
#4: ジャーナル: ACTA BIOCHIM.POL. / 年: 1997
タイトル: Why a "benign" Mutation Kills Enzyme Activity. Structure-based Analysis of the A176V Mutant of Saccharomyces cerevisiae L-asparaginase I
著者: Bonthron, D.T. / Jaskolski, M.
#5: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 2000
タイトル: Dynamics of a Mobile Loop at the Active Site of Escherichia coli Asparaginase
著者: Aung, H.P. / Bocola, M. / Schleper, S. / Rohm, K.H.
履歴
登録2001年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32016年10月19日Group: Database references
改定 1.42021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGOMER IS A HOMOTETRAMER WITH 222 SYMMETRY. THE ASYMMETRIC UNIT CONSIST OF MONOMERS A AND C WHICH FORM THE ACTIVE-SITE-COMPETENT DIMER WITH NON-CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD SYMMETRY. THE COMPLETE TETRAMER IS GENERATED FROM THE AC DIMER THROUGH CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD ROTATION.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-asparaginase II
C: L-asparaginase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2822
ポリマ－69,2822
非ポリマー00
水97354
1
A: L-asparaginase II
C: L-asparaginase II

A: L-asparaginase II
C: L-asparaginase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,5634
ポリマ－138,5634
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area14310 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area41050 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)123.255, 123.255, 83.874
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is a homotetramer generated from the asymmetric-unit dimer by crystallographic two-fold rotation.

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要素

#1: タンパク質 L-asparaginase II / L-ASNASE II


分子量: 34640.836 Da / 分子数: 2 / 変異: D90E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00805, asparaginase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, HEPES, PH 7.5, 292 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年3月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→20 Å / Num. all: 21080 / Num. obs: 21041 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 54.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Active dimer (AC) from native L-asparaginase II structure - PDB code: 3ECA

3eca


解像度: 2.65→10 Å / SU B: 10.20916 / SU ML: 0.21554 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 1.01792 / ESU R Free: 0.27561 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Maximum likelihood algorithm. TLS parameters were used. RESIDUES 16-34 IN MOLECULE A AND RESIDUES 16-33 IN MOLECULE B NOT INCLUDED IN THE MODEL DUE TO POOR ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 1065 5.2 %RANDOM
Rwork0.1664 ---
all0.1686 19606 --
obs0.1686 19606 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0.12 Å20 Å2
2---0.23 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4610 0 0 54 4664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.022
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.5351.952
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d3.7683
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.4371.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.8152
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.4863
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.4834.5
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0050.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0980.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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