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万見
- PDB-1ic8: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1A BOUND TO DNA : MODY3 GENE PRODUCT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ic8
タイトルHEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1A BOUND TO DNA : MODY3 GENE PRODUCT
要素
  • 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*G)-3'
  • HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription regulation / DNA-binding / POU domain / diabetes / Disease mutation / MODY3 / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


renal D-glucose absorption / pancreas development / insulin secretion / D-glucose import / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / liver development / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific ...renal D-glucose absorption / pancreas development / insulin secretion / D-glucose import / Regulation of gene expression in beta cells / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / liver development / glucose homeostasis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus ...Hepatocyte nuclear factor 1, alpha isoform C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), alpha isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, beta isoform, C-terminal / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal domain superfamily / Hepatocyte nuclear factor 1 / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), beta isoform C terminus / Hepatocyte nuclear factor 1, N-terminal / HNF-1, dimerization domain / HNF-1, POU-specific (POUs) atypical domain / Hepatocyte nuclear factor 1 (HNF-1), N terminus / POU-specific (POUs) atypical domain profile. / HNF-1 dimerization (HNF-p1) domain profile. / 'Homeobox' domain signature. / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Hepatocyte nuclear factor 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chi, Y.-I. / Frantz, J.D. / Oh, B.-C. / Hansen, L. / Dhe-Paganon, S. / Shoelson, S.E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2002
タイトル: Diabetes mutations delineate an atypical POU domains in HNF1-Alpha
著者: Chi, Y.-I. / Frantz, J.D. / Oh, B.-C. / Hansen, L. / Dhe-Paganon, S. / Shoelson, S.E.
履歴
登録2001年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年2月1日Group: Structure summary
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*A)-3'
F: 5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*G)-3'
A: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA
B: HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8574
ポリマ－57,8574
非ポリマー00
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.389, 50.389, 207.272
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*TP*GP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*A)-3'


分子量: 6421.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*CP*AP*AP*G)-3'


分子量: 6461.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 HEPATOCYTE NUCLEAR FACTOR 1-ALPHA


分子量: 22487.318 Da / 分子数: 2 / Fragment: DNA BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGEX4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20823
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.2 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 50mM Imidazole, 32% PEG8K, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Imidazole11
2PEG8K11
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120-30 mg/mlprotein1drop
2100 mMimidazole1reservoirpH8.5
330-33 %PEG80001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1.0673 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年8月4日
放射モノクロメーター: a pair of single flat crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0673 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.4 Å / Num. all: 15884 / Num. obs: 14836 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 14.35
反射
*PLUS
最低解像度: 30 Å / 冗長度: 3.23 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.6→29.4 Å / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.312 737 5 %RANDOM
Rwork0.254 ---
all0.27 15884 --
obs0.26 14760 --
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.61 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.59 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2832 855 0 139 3826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 12593 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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