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- PDB-1au7: PIT-1 MUTANT/DNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1au7
タイトルPIT-1 MUTANT/DNA COMPLEX
要素
  • CONSENSUS DNA 25-MER
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C P*AP*TP*GP*AP*GP* GP*A)-3')
  • PROTEIN PIT-1
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / COMPLEX (DNA-BINDING PROTEIN-DNA) / PITUITARY / CPHD / POU DOMAIN / TRANSCRIPTION FACTOR / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


somatotropin secreting cell development / somatotropin secreting cell differentiation / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / adenohypophysis development / pituitary gland development / positive regulation of multicellular organism growth / cell fate specification / lncRNA binding ...somatotropin secreting cell development / somatotropin secreting cell differentiation / regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / adenohypophysis development / pituitary gland development / positive regulation of multicellular organism growth / cell fate specification / lncRNA binding / B cell differentiation / determination of adult lifespan / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell population proliferation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. ...POU-specific domain / POU domain / Pou domain - N-terminal to homeobox domain / POU-specific (POUs) domain signature 1. / POU-specific (POUs) domain signature 2. / POU-specific (POUs) domain profile. / Found in Pit-Oct-Unc transcription factors / : / Homeobox, conserved site / 'Homeobox' domain signature. / Homeodomain / lambda repressor-like DNA-binding domains / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pituitary-specific positive transcription factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Jacobson, E.M. / Li, P. / Leon-Del-Rio, A. / Rosenfeld, M.G. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 1997
タイトル: Structure of Pit-1 POU domain bound to DNA as a dimer: unexpected arrangement and flexibility.
著者: Jacobson, E.M. / Li, P. / Leon-del-Rio, A. / Rosenfeld, M.G. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録1997年9月12日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01998年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: CONSENSUS DNA 25-MER
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C P*AP*TP*GP*AP*GP* GP*A)-3')
A: PROTEIN PIT-1
B: PROTEIN PIT-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0734
ポリマ－49,0734
非ポリマー00
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.500, 50.100, 55.800
Angle α, β, γ (deg.)76.70, 79.30, 67.20
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.388765, -0.637872, 0.664816), (-0.664442, -0.693985, -0.277312), (0.638262, -0.333923, -0.693626)
ベクター: -1.92157, 58.74348, 62.81211)

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要素

#1: DNA鎖 CONSENSUS DNA 25-MER


分子量: 7722.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*CP*CP*TP*CP*AP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*C P*AP*TP*GP*AP*GP* GP*A)-3')


分子量: 7343.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN PIT-1 / GHF-1


分子量: 17003.570 Da / 分子数: 2 / Mutation: E5G, I6M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: SPRAGUE-DAWLEY / 組織: ENDOCRINE / Cell: LACTOTROPES, SOMATOTROPES / 細胞内の位置: NUCLEAR / 遺伝子: PIT-1 / 器官: PITUITARY GLAND / プラスミド: 14B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 遺伝子 (発現宿主): PIT-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / キーワード: MUTATIONS E5G, I6M / 参照: UniProt: P10037
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細LINKERS CONNECTING POU SPECIFIC DOMAIN AND POU HOMEO DOMAIN ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND NOT ...LINKERS CONNECTING POU SPECIFIC DOMAIN AND POU HOMEO DOMAIN ARE DISORDERED IN THE STRUCTURE AND NOT VISIBLE IN THE ELECTRON DENSITY MAP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 % / 解説: BROMO-URACIL MAD EXPERIMENT
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: A 28 BP DNA DUPLEX (10MG/ML) WAS ADDED TO THE PROTEIN IN A 1:2 MOLAR RATIO. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION USING HANGING DROPS OF 1 UL. OF PROTEIN/DNA SOLUTION MIXED 1 UL. OF ...詳細: A 28 BP DNA DUPLEX (10MG/ML) WAS ADDED TO THE PROTEIN IN A 1:2 MOLAR RATIO. CRYSTALS WERE GROWN BY VAPOR DIFFUSION USING HANGING DROPS OF 1 UL. OF PROTEIN/DNA SOLUTION MIXED 1 UL. OF RESERVOIR SOLUTION. THE BEST CRYSTALS WERE OBTAINED WITH RESERVOIRS CONTAINING 400-600 MM PHOSPHORIC ACID ADJUSTED TO PH 4.0 - 4.3 WITH TRIETHYLAMINE., pH 4.00, vapor diffusion - hanging drop
PH範囲: 4.0-4.3
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PHOSPHORIC ACID11
2TRIETHYLAMINE11

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データ収集

回折平均測定温度: 111 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1994年8月1日 / 詳細: DUAL SLITS
放射モノクロメーター: SILICON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 10021 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 5.8 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Rsym value: 18.9 / % possible all: 73

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASITモデル構築
X-PLOR3.1F精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASIT位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→6 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 -5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs-14575 84.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2653 1094 0 528 4275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
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X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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