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Yorodumi- PDB-5y8a: Periplasmic heme-binding protein BhuT in complex with two hemes (... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5y8a | ||||||||||||
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Title | Periplasmic heme-binding protein BhuT in complex with two hemes (holo-2 form) | ||||||||||||
Components | Putative hemin transport system, substrate-binding protein | ||||||||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / metal transport | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||||||||
Biological species | Burkholderia cenocepacia (bacteria) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.001 Å | ||||||||||||
Model details | Periplasmic heme-binding protein BhuT in ABC heme transporter system | ||||||||||||
Authors | Nakamura, N. / Naoe, Y. / Rahman, M.M. / Shiro, Y. / Sugimoto, H. | ||||||||||||
Funding support | Japan, 3items
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Citation | Journal: Proteins / Year: 2017 Title: Structural basis for binding and transfer of heme in bacterial heme-acquisition systems Authors: Naoe, Y. / Nakamura, N. / Rahman, M.M. / Tosha, T. / Nagatoishi, S. / Tsumoto, K. / Shiro, Y. / Sugimoto, H. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5y8a.cif.gz | 236.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5y8a.ent.gz | 189.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5y8a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5y8a_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5y8a_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 5y8a_validation.xml.gz | 26.3 KB | Display | |
Data in CIF | 5y8a_validation.cif.gz | 36.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/5y8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/5y8a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5gizC 5gj3SC 5y89C 5y8bC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28016.029 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: heme binding protein, UNP residues 40-305 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Burkholderia cenocepacia (strain ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610) (bacteria) Strain: ATCC BAA-245 / DSM 16553 / LMG 16656 / NCTC 13227 / J2315 / CF5610 Gene: hmuT, BCAM2628 / Plasmid: pGEX-6P-1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Rosetta2(DE3) / References: UniProt: B4EKB3 #2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-CA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.94 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 2% PEG 3350, 0.2 M calcium acetate, and 0.1 M MES pH 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Dec 11, 2012 / Details: mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 31283 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 24.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.092 / Χ2: 0.894 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 129249 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5GJ3 Resolution: 2.001→23.724 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 25.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.15 Å2 / Biso mean: 31.9883 Å2 / Biso min: 8.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.001→23.724 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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