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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1i9i | ||||||
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タイトル | NATIVE CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / fab fragment / anti-testosterone / recombinant / monoclonal | ||||||
機能・相同性 | ![]() immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Valjakka, J. / Takkinenz, K. / Teerinen, T. / Soderlund, H. / Rouvinen, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into steroid hormone binding: the crystal structure of a recombinant anti-testosterone Fab fragment in free and testosterone-bound forms. 著者: Valjakka, J. / Takkinenz, K. / Teerinen, T. / Soderlund, H. / Rouvinen, J. #1: ![]() タイトル: X-ray studies of recombinant anti-testosterone fab fragments: the use of peg 3350 in crystallization 著者: Valjakka, J. / Hemminki, A. / Teerinen, T. / Takkinen, K. / Rouvinen, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 73.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 24056.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23509.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: peg3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MSC Confocal Blue Optics |
放射 | モノクロメーター: MSC Confocal Blue Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.72→99 Å / Num. all: 103739 / Num. obs: 15557 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | 解像度: 2.72→2.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.304 / % possible all: 99.9 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 103739 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Fab fragment 4-4-20 解像度: 2.72→99 Å / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.72→99 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.195 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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