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万見
- PDB-1i9i: NATIVE CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i9i
タイトルNATIVE CRYSTAL STRUCTURE OF THE RECOMBINANT MONOCLONAL WILD TYPE ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT
要素
  • RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN
  • RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / fab fragment / anti-testosterone / recombinant / monoclonal
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / adaptive immune response / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Kappa light chain C_region / Ighg protein / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Valjakka, J. / Takkinenz, K. / Teerinen, T. / Soderlund, H. / Rouvinen, J.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Structural insights into steroid hormone binding: the crystal structure of a recombinant anti-testosterone Fab fragment in free and testosterone-bound forms.
著者: Valjakka, J. / Takkinenz, K. / Teerinen, T. / Soderlund, H. / Rouvinen, J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: X-ray studies of recombinant anti-testosterone fab fragments: the use of peg 3350 in crystallization
著者: Valjakka, J. / Hemminki, A. / Teerinen, T. / Takkinen, K. / Rouvinen, J.
履歴
登録2001年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02002年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN
H: RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5662
ポリマ－47,5662
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.461, 90.850, 137.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: 抗体 RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT LIGHT CHAIN


分子量: 24056.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PKKTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 / 参照: UniProt: Q99M37, UniProt: Q65ZC0*PLUS
#2: 抗体 RECOMBINANT MONOCLONAL ANTI-TESTOSTERONE FAB FRAGMENT HEAVY CHAIN


分子量: 23509.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PKKTAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): RV308 / 参照: UniProt: Q9R1A4, UniProt: Q91Z05*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.44 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: peg3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19 mg/mlprotein1drop
20.1 MBis-Tris propane1droppH5.6
315 %PEG33501drop

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200HB / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MSC Confocal Blue Optics
放射モノクロメーター: MSC Confocal Blue Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→99 Å / Num. all: 103739 / Num. obs: 15557 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.72→2.82 Å / Rmerge(I) obs: 0.304 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
最低解像度: 99 Å / Num. measured all: 103739
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fab fragment 4-4-20

解像度: 2.72→99 Å / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1428 -
Rwork0.195 --
all-15566 -
obs-14496 93.1 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3345 0 0 88 3433
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0066
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.4
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
精密化
*PLUS
最低解像度: 500 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.195
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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