PDB-1hko: NMR structure of bovine cytochrome b5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1hko

タイトル

NMR structure of bovine cytochrome b5

要素

CYTOCHROME B5

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / CYTOCHROME / ELECTRON TRANSFER PROTEIN / HEME

機能・相同性

機能・相同性情報

Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BOS TAURUS (ウシ)

手法

溶液NMR

データ登録者

Muskett, F.W. / Whitford, D.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The Solution Structure of Bovine Ferricytochrome B5 Determined Using Heteronuclear NMR Methods.
著者: Muskett, F.W. / Kelly, G.P. / Whitford, D.

履歴

置き換え	2003年3月10日	ID: 1WDB
登録	2003年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2003年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1hko.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1hko.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1hko.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1hko_validation.pdf.gz	468.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1hko_full_validation.pdf.gz	877.4 KB	表示
XML形式データ	1hko_validation.xml.gz	185.8 KB	表示
CIF形式データ	1hko_validation.cif.gz	212.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hko ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hk/1hko	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cyo 1ehb 1es1 1f03 1f04 1i5u 1lqx 1lr6 1m20
類似構造データ	2dgr-d 2jsf-d 2ctm-d 2or8-2 6hym-1 6hog-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 5745

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: CYTOCHROME B5

ヘテロ分子

12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	42 / 100	LEAST RESTRAINT VIOLATION
代表モデル	モデル #6

#1: タンパク質	CYTOCHROME B5 分子量: 11811.950 Da / 分子数: 1 / 断片: HEME BINDING DOMAIN, RESIDUES 1-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00171
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
構成要素の詳細	CYTOCHROME B5 IS A MEMBRANE BOUND HEMOPROTEIN WHICH FUNCTIONS AS AN ELECTRON CARRIER FOR SEVERAL ...CYTOCHROME B5 IS A MEMBRANE BOUND HEMOPROTEIN WHICH FUNCTIONS AS AN ELECTRON CARRIER FOR SEVERAL MEMBRANE BOUND OXYGENASES.

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	15N-1H HSQC
1	2	1	15N-1H TOCSY-HSQC
1	3	1	15N-1H NOESY HSQC
1	4	1	CBCANH
1	5	1	CBCA(CO)NH
1	6	1	(H)CCH-TOCSY
1	7	1	(HB)CB(CGCD)HD/HE
1	8	1	13C-EDITED NOESY HSQC

NMR実験の詳細

Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED FROM A COMBINATION OF TRIPLE RESONANCE NMR EXPERIMENTS ON 13C, 15N LABELED CYTOCHROME B5

-
試料調製

試料状態	pH: 7 / 温度: 300 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	600	1
Varian UNITY	Varian	UNITY	600	2
Varian UNITYPLUS	Varian	UNITYPLUS	500	3

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
DYANA	GUNTERT,WUTHRICH	精密化
DYANA		構造決定

精密化

ソフトェア番号: 1 / 詳細: 5 CYCLES OF REDAC PROCEDURE

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 42

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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