PDB-2dgr: Solution structure of the second KH domain in ring finger and KH ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2dgr

タイトル

Solution structure of the second KH domain in ring finger and KH domain containing protein 1

要素

RING finger and KH domain-containing protein 1

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / KH domain / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA localization resulting in post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA destabilization / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics,restrained molecular dynamics

データ登録者

Abe, C. / Muto, Y. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the second KH domain in ring finger and KH domain containing protein 1
著者: Abe, C. / Muto, Y. / Inoue, M. / Terada, T. / Kigawa, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2006年3月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年9月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2dgr.cif.gz	488.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2dgr.ent.gz	408.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2dgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/2dgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/2dgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2dnz-d 2l6e-d 1yqb-d 2or8-2 2ctm-d 1i87-d 2or8-1 2eeb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002002000.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2)

登録構造単位

A: RING finger and KH domain-containing protein 1

8.86 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	RING finger and KH domain-containing protein 1 分子量: 8855.992 Da / 分子数: 1 / 断片: K homology domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: RKHD1 / プラスミド: P050829-12 / 発現宿主: Cell free synthesis / 参照: UniProt: Q86XN8

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 20mM d-Tris-HCl(pH7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
NMRPipe	20030801	Delaglio,F	解析
NMRView	5.0.4	Johnson,B.A	データ解析
KUJIRA	0.932	Kobayashi,N	データ解析
CYANA	2	Guntert,P	構造決定
CYANA	2	Guntert,P	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics,restrained molecular dynamics
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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