PDB-2or8: Tim-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2or8

タイトル

Tim-1

要素

Hepatitis A virus cellular receptor 1 homolog

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Beta barrel / immunoglobulin fold / IgV domain / TIM

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mast cell activation / phosphatidylserine binding / brush border / response to wounding / response to lipopolysaccharide / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Santiago, C. / Ballesteros, A. / Kaplan, G.G. / Casasnovas, J.M.

引用

ジャーナル: Immunity / 年: 2007
タイトル: Structures of T Cell Immunoglobulin Mucin Receptors 1 and 2 Reveal Mechanisms for Regulation of Immune Responses by the TIM Receptor Family.
著者: Santiago, C. / Ballesteros, A. / Tami, C. / Martinez-Munoz, L. / Kaplan, G.G. / Casasnovas, J.M.

履歴

登録	2007年2月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2or8.cif.gz	59.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2or8.ent.gz	43.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2or8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/2or8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/2or8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2or7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2cdp-4 2cdp-2 2afp-d 3cbz-d 2cdp-3 2cdp-1 4jjh-2 2dnz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hepatitis A virus cellular receptor 1 homolog

B: Hepatitis A virus cellular receptor 1 homolog

ヘテロ分子

26 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hepatitis A virus cellular receptor 1 homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hepatitis A virus cellular receptor 1 homolog

登録者が定義した集合体
13 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.490, 55.740, 75.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hepatitis A virus cellular receptor 1 homolog / HAVcr-1 / T cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 1 / TIMD-1 / T cell membrane ...HAVcr-1 / T cell immunoglobulin and mucin domain-containing protein 1 / TIMD-1 / T cell membrane protein 1 / TIM-1 分子量: 12978.605 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal Cys-rich domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: Knowles Solter / 遺伝子: Havcr1, Tim1, Timd1 / プラスミド: pET-27b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5QNS5
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.79 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG-2000 methylether, 5% PEG-400, 0.1M ammonium sulphate, 0.1M sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.0552
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0552 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 6839 / Num. obs: 6839 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.917 Å² / R_merge(I) obs: 0.131 / R_sym value: 13.1 / Net I/σ(I): 4.9
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 2174 / R_sym value: 41.3 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PDC		データ収集
PHASER		位相決定
CNS	1.1	精密化
XDS		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Tim-2 homologous domain

解像度: 2.5→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	701	-	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
all	0.241	6851	-	-
obs	0.241	6839	98.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.4 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-14.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	28.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	-13.6 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.39 Å	0.31 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.41 Å	0.43 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1818	0	4	104	1926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.74666
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007849

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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