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- PDB-2cdp: Structure of a CBM6 in complex with neoagarohexaose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2cdp
タイトルStructure of a CBM6 in complex with neoagarohexaose
要素BETA-AGARASE 1
キーワードHYDROLASE / CARBOHYDRATE-BINDING MODULE
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-agarase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-agarase / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily ...Beta-agarase / Cellulose binding, type IV / Cellulose Binding Domain Type IV / Carbohydrate binding module (family 6) / Glycoside hydrolase family 16 / Glycosyl hydrolases family 16 (GH16) domain profile. / CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile. / Carbohydrate binding module family 6 / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SACCHAROPHAGUS DEGRADANS (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Henshaw, J. / Horne, A. / Van Bueren, A.L. / Money, V.A. / Bolam, D.N. / Czjzek, M. / Weiner, R.M. / Hutcheson, S.W. / Davies, G.J. / Boraston, A.B. / Gilbert, H.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Family 6 Carbohydrate Binding Modules in Beta-Agarases Display Exquisite Selectivity for the Non- Reducing Termini of Agarose Chains.
著者: Henshaw, J. / Horne, A. / Van Bueren, A.L. / Money, V.A. / Bolam, D.N. / Czjzek, M. / Ekborg, N.A. / Weiner, R.M. / Hutcheson, S.W. / Davies, G.J. / Boraston, A.B. / Gilbert, H.J.
履歴
登録2006年1月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年6月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-AGARASE 1
B: BETA-AGARASE 1
C: BETA-AGARASE 1
D: BETA-AGARASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,28831
ポリマ－67,5284
非ポリマー4,75927
水10,305572
1
A: BETA-AGARASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0688
ポリマ－16,8821
非ポリマー1,1857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: BETA-AGARASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0688
ポリマ－16,8821
非ポリマー1,1857
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: BETA-AGARASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0327
ポリマ－16,8821
非ポリマー1,1506
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: BETA-AGARASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1218
ポリマ－16,8821
非ポリマー1,2397
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)53.720, 54.996, 195.908
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.172, -0.985, -0.029), (0.049, -0.037, 0.998), (-0.984, 0.17, 0.055)59.44933, -37.24403, 46.19801
2given(0.033, 0.01, -0.999), (0.065, 0.998, 0.012), (0.997, -0.065, 0.033)47.72117, 10.58282, -4.40216
3given(-0.068, -0.998, -0.016), (-0.997, 0.067, 0.042), (-0.041, 0.019, -0.999)68.18204, 63.42153, 50.58269

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質
BETA-AGARASE 1


分子量: 16882.111 Da / 分子数: 4 / 断片: CARBOHYDRATE-BINDING MODULE, RESIDUES 456-593 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROPHAGUS DEGRADANS (バクテリア)
株: 2-40 / 解説: FROM THE LABORATORY OF RON WEINER / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6DN99
#2: 多糖
3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L- ...3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 936.815 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[a2112h-1b_1-5][a1221h-1a_1-5_3-6]/1-2-1-2-1-2/a3-b1_b4-c1_c3-d1_d4-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0

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非ポリマー , 4種, 595分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細RESIDUE 23 (NUMBERED 1 IN THE PDB FILE) IN THE GIVEN SEQUENCE CORRESPONDS TO RESIDUE 456 IN THE ...RESIDUE 23 (NUMBERED 1 IN THE PDB FILE) IN THE GIVEN SEQUENCE CORRESPONDS TO RESIDUE 456 IN THE DATABASE ENTRY, RESIDUES BEFORE THIS DERIVE FROM THE VECTOR AND AFFINITY TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: STRUCTURE ISOMORPHOUS WITH STARTING MODEL
結晶化pH: 7.5
詳細: 2M NACL, 16-20% PEG 4000 BUFFERED TO PH 7.5 WITH TRIS/HCL

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54178
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS-4 / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: MULTIWIRE OPTICS
放射モノクロメーター: MULTIWIRE OPTICS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.59→19.62 Å / Num. obs: 79215 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CrystalClearデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CDO

2cdo


解像度: 1.59→19.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 2.272 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 18 TO 25 OF CHAINS B AND C AND RESIDUES 20 TO 25 OF CHAIN D ARE DISORDERED RESIDUES 19 AND 26 OF CHAIN D HAVE BEEN MODELLED WITH HALF OCCUPANCY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 3909 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
obs0.212 73859 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→19.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3905 0 297 572 4774
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0214430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8721.9656136
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5685566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2726.268209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28915542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.217154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2745
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.22016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3140.23019
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1930.2118
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2780.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1051.52668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.61624213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.36532015
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1934.51898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.59→1.63 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.439 249
Rwork0.351 5147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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