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- PDB-6qjy: Solution NMR structure of a mutant major ampullate spidroin 1 N-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qjy
タイトルSolution NMR structure of a mutant major ampullate spidroin 1 N-terminal domain
要素Major ampullate spidroin 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / spider silk hydrophobic core methionine
機能・相同性Spidroin, N-terminal domain / Spidroin, N-terminal / Major ampullate spidroin 1, spider silk protein 1, N-term / Spidroin, N-terminal domain superfamily / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Major ampullate spidroin 1
機能・相同性情報
生物種Euprosthenops australis (クモ)
手法溶液NMR / TORSION ANGLE DYNAMICS ONFORMERS, NUMBER CALCULATED : NULL
データ登録者Goretzki, B. / Heiby, J. / Neuweiler, H. / Hellmich, U.A.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
米国
ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Solution NMR structure of a mutant major ampullate spidroin 1 N-terminal domain
著者: Heiby, J.H. / Goretzki, B. / Johnson, C.M. / Hellmich, U.A. / Neuweiler, H.
履歴
登録2019年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major ampullate spidroin 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0751
ポリマ－14,0751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, Size exclusion chromatography and multi-angle light scattering (SEC-MALS)
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 2020 structures for lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Major ampullate spidroin 1


分子量: 14075.485 Da / 分子数: 1 / 変異: M20L, M24L, M41L, M48L, M77L, M101L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Euprosthenops australis (クモ) / 遺伝子: MaSp1 / プラスミド: pRSET A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q05H60

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 13C(ali)-NOESY-HSQC
1101isotropic12D 13C HSQC
121isotropic23D 15N-NOESY-HSQC
1111isotropic22D 15N HSQC
131isotropic23D HNCAO
141isotropic23D HNCO
151isotropic23D HNCA
191isotropic23D HN(CA)CB
181isotropic23D CBCA(CO)NH
171isotropic23D HBHA(CO)NH
161isotropic23D H(CCO)NH
1131isotropic23D H(CCO)NH
1121isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic23D (H)CCH-TOCSY
NMR実験の詳細Text: NULL

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 300 uM [U-13C; U-15N] MaSp1 L6-NTD, 50 mM potassium phosphate, 200 mM sodium chloride, 100 uM DSS, 90% H2O/10% D2O
Label: 13C,15N_L6-NTD / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uMMaSp1 L6-NTD[U-13C; U-15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
200 mMsodium chloridenatural abundance1
100 uMDSSnatural abundance1
試料状態イオン強度: 200 mM / Label: conditions_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
OPAL2.4.2Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: TORSION ANGLE DYNAMICS ONFORMERS, NUMBER CALCULATED : NULL
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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