PDB-1i5u: SOLUTION STRUCTURE OF CYTOCHROME B5 TRIPLE MUTANT (E48A/E56A/D60A)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1i5u

タイトル

SOLUTION STRUCTURE OF CYTOCHROME B5 TRIPLE MUTANT (E48A/E56A/D60A)

要素

CYTOCHROME B5

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / Transmembrane / Heme / Microsome

機能・相同性

機能・相同性情報

Vitamin C (ascorbate) metabolism / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

溶液NMR / distance geometry simulated annealing, molecular dynamics

データ登録者

Qian, C. / Yao, Y. / Tang, W. / Wang, J. / Zhongxian, H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2001
タイトル: Effects of charged amino-acid mutation on the solution structure of cytochrome b(5) and binding between cytochrome b(5) and cytochrome c.
著者: Qian, C. / Yao, Y. / Ye, K. / Wang, J. / Tang, W. / Wang, Y. / Wang, W. / Lu, J. / Xie, Y. / Huang, Z.

履歴

登録	2001年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2001年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1i5u.cif.gz	39.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1i5u.ent.gz	26.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1i5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1i5u_validation.pdf.gz	412.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1i5u_full_validation.pdf.gz	412.6 KB	表示
XML形式データ	1i5u_validation.xml.gz	3.3 KB	表示
CIF形式データ	1i5u_validation.cif.gz	4.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i5/1i5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1aw3 1f04 1i5t
類似構造データ	1f03-d 2xen-d 1sh4-d 6fdd-6 1j0q-d 1lr6-d 4jwr-1 4hin-4 3n4z-2 5f4c-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: CYTOCHROME B5

ヘテロ分子

9.93 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 36	Minimized Average Structure
代表モデル

#1: タンパク質	CYTOCHROME B5 分子量: 9315.297 Da / 分子数: 1 / 断片: SOLUBLE DOMAIN (RESIDUES 8-89) / 変異: E48A/E56A/D60A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / プラスミド: PUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00171
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	TOCSY
2	4	1	2D NOESY
2	5	1	DQF-COSY
2	6	1	TOCSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

内容: 4mM cytochrome b5 triple mutant(E48A/E56A/D60A) / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料状態

Conditions-ID	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	7	1 atm	303 K
2	7	1 atm	303 K
3	7	1 atm	303 K
4	7	1 atm	303 K

結晶化

*PLUS

手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	分類
DYANA	構造決定
XwinNMR	解析
AURELIA	データ解析
pseudyana	構造決定
XEASY	データ解析
Amber	精密化

精密化

手法: distance geometry simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: the structures are based on a total of 1522 meaningful NOE-derived distance constraints, together with 190 pseudocontact shift constraints.

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: Minimized Average Structure
計算したコンフォーマーの数: 36 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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