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万見
- PDB-1hkn: A complex between acidic fibroblast growth factor and 5-amino-2-n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hkn
タイトルA complex between acidic fibroblast growth factor and 5-amino-2-naphthalenesulfonate
要素HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
キーワードGROWTH FACTOR / MITOGEN / ANGIOGENESIS / HEPARIN-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding ...mesonephric epithelium development / branch elongation involved in ureteric bud branching / regulation of endothelial tube morphogenesis / FGFR3b ligand binding and activation / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / FGFR2b ligand binding and activation / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / FGFR1b ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / organ induction / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / S100 protein binding / Signaling by FGFR2 IIIa TM / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR1 / positive regulation of sprouting angiogenesis / positive regulation of MAP kinase activity / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / anatomical structure morphogenesis / activation of protein kinase B activity / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / neurogenesis / Signaling by FGFR2 in disease / Signaling by FGFR1 in disease / extracellular matrix / positive regulation of endothelial cell migration / lung development / regulation of cell migration / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / growth factor activity / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / wound healing / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / integrin binding / positive regulation of angiogenesis / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / cellular response to heat / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / angiogenesis / cell cortex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-AMINO-NAPHTALENE-2-MONOSULFONATE / Fibroblast growth factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fernandez-Tornero, C. / Lozano, R.M. / Gimenez-Gallego, G. / Romero, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Leads for Development of New Naphthalenesulfonate Derivatives with Enhanced Antiangiogenic Activity: Crystal Structure of Acidic Fibroblast Growth Factor in Complex with 5-Amino-2-Naphthalenesulfonate
著者: Fernandez-Tornero, C. / Lozano, R.M. / Redondo-Horcajo, M. / Gomez, A. / Lopez, J. / Quesada, E. / Uriel, C. / Valverde, S. / Cuevas, P. / Romero, A. / Gimenez-Gallego, G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Solution Structure of Acidic Fibroblast Growth Factor Bound to 1,3,6-Naphthalenetrisulfonate: A Minimal Model for the Anti-Tumoral Action of Suramins and Suradistas
著者: Lozano, M.R. / Jimenez, M. / Santoro, J. / Rico, M. / Gimenez-Gallego, G.
#2: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1996
タイトル: X-Ray Structure of Native Full-Length Human Fibroblast-Growth Factor at 0.25 Nm Resolution
著者: Romero, A. / Pineda-Lucena, A. / Gimenez-Gallego, G.
履歴
登録2003年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02004年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "BA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
B: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
C: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
D: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
E: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
F: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7118
ポリマ－94,2646
非ポリマー4462
水1,856103
1
A: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7111
ポリマ－15,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7111
ポリマ－15,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9342
ポリマ－15,7111
非ポリマー2231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9342
ポリマ－15,7111
非ポリマー2231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7111
ポリマ－15,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7111
ポリマ－15,7111
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.530, 47.210, 97.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.04, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.99901, 0.03623, -0.02565), (-0.03644, 0.99931, -0.00765), (0.02535, 0.00858, 0.99964)-31.41383, -21.24867, -46.92897
2given(-0.86352, -0.33466, -0.37727), (-0.34267, -0.1595, 0.92582), (-0.37001, 0.92874, 0.02306)52.53755, -55.80906, 21.5929
3given(-0.83063, -0.32127, -0.4548), (-0.44103, -0.11904, 0.88956), (-0.33993, 0.93947, -0.04281)0.58795, -28.6458, 34.42809
4given(0.79235, 0.22686, 0.56632), (0.03473, -0.94356, 0.32938), (0.60908, -0.24131, -0.75551)-61.07424, -11.97428, 73.12293
5given(0.78459, 0.23728, 0.57281), (0.03471, -0.93923, 0.34153), (0.61904, -0.24808, -0.74515)3.75493, -18.20288, 52.61682

-
要素

#1: タンパク質
HEPARIN-BINDING GROWTH FACTOR 1 / HBGF-1 / ACIDIC FIBROBLAST GROWTH FACTOR / AFGF / BETA-ENDOTHELIAL CELL GROWTH FACTOR / ECGF- BETA


分子量: 15710.691 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P05230
#2: 化合物 ChemComp-N2M / 5-AMINO-NAPHTALENE-2-MONOSULFONATE


分子量: 223.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.1 %
結晶化pH: 7.8
詳細: CRYSTALS OF THE COMPLEX BETWEEN AFGF AND 5-AMINO-2-NMS WERE GROWN BY MIXING 0.75 MM PROTEIN, 1.5 MM OF THE INHIBITOR AND 60% SODIUM/PO, pH 7.80
結晶化
*PLUS
温度: 295 K / pH: 7.85 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.75 mMprotein1drop
21.5 mMinhibitor1drop
360 %sodium potassium tartrate1drop
45 mMsodium phosphate1droppH7.85
51.3 M1reservoirLi2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9073
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→33.5 Å / Num. obs: 56957 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 33.5 Å / Num. measured all: 321819 / Rmerge(I) obs: 0.044
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.219 / Mean I/σ(I) obs: 2.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY: PDB ENTRY 2AXM

2axm


解像度: 2→33.57 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 1758636.06 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT PHE1001-LYS1009, PHE2001-LYS2009, PHE3001-TYR3008, PHE4001-LYS4009, PHE5001-TYR5008, PHE6001- LYS6009 SEVERAL RESIDUES AT THE C- ...詳細: THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE EXPERIMENT PHE1001-LYS1009, PHE2001-LYS2009, PHE3001-TYR3008, PHE4001-LYS4009, PHE5001-TYR5008, PHE6001- LYS6009 SEVERAL RESIDUES AT THE C-TERMINAL WERE NOT MODELLED SER1138-ASP1140, SER2138-ASP2140, SER3138-ASP3140, SER1139- ASP4140, SER5139-ASP5140, SER6138-ASP6140
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 5786 10.2 %RANDOM
Rwork0.228 ---
obs0.228 56957 98.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.5897 Å2 / ksol: 0.387043 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.86 Å20 Å25.56 Å2
2--2.18 Å20 Å2
3----7.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6168 0 30 103 6301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.561.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.032
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.022.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 949 10 %
Rwork0.27 8582 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION35NN2MS.PARAM5NN2MS.TOP
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.261 / Rfactor Rwork: 0.231
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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