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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h57 | ||||||
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タイトル | Structure of horseradish peroxidase C1A compound III | ||||||
![]() | PEROXIDASE C1A | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / HORSERADISH / CATALYTIC INTERMEDIATE / COMPOUND III / OXYPEROXIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() lactoperoxidase activity / peroxidase / vacuole / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / heme binding / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Berglund, G.I. / Carlsson, G.H. / Hajdu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Catalytic Pathway of Horseradish Peroxidase at High Resolution 著者: Berglund, G.I. / Carlsson, G.H. / Smith, A.T. / Szoke, H. / Henriksen, A. / Hajdu, J. #1: ![]() タイトル: The Structures of the Horseradish Peroxidase C-Ferulic Acid Complex and the Ternary Complex with Cyanide Suggest How Peroxidases Oxidize Small Phenolic Substrates 著者: Henriksen, A. / Smith, A.T. / Gajhede, M. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Horseradish Peroxidase C at 2.15 A Resolution 著者: Gajhede, M. / Schuller, D.J. / Henriksen, A. / Smith, A.T. / Poulos, T.L. #3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1990 タイトル: Expression of a Synthetic Gene for Horseradish Peroxidase C in Escherichia Coli and Folding and Activation of the Recombinant Enzyme with Ca2+ and Heme 著者: Smith, A.T. / Santama, N. / Dacey, S. / Edwards, M. / Bray, R.C. / Thorneley, R.N. / Burke, J.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 64.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 813.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 813.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1h55C ![]() 1h58C ![]() 1h5aC ![]() 1h5cC ![]() 1h5dC ![]() 1h5eC ![]() 1h5fC ![]() 1h5gC ![]() 1h5hC ![]() 1h5iC ![]() 1h5jC ![]() 1h5kC ![]() 1h5lC ![]() 1h5mC ![]() 1hchC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 33948.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 解説: SYNTHETIC GENE / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 410分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/PEO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/PEO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-OXY / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
配列の詳細 | THE SWS ENTRY INCLUDES N-TERM AND C-TERM SIGNAL PEPTIDES. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 % 解説: DATA WAS ALSO COLLECTED AT BM14 (0.850 A) AND ID14-EH3 (0.936 A) AT THE ESRF (SEE JRNL) STARTING MODEL FOR RIGID-BODY REFINEMENT WAS PDB ENTRY 7ATJ |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 20% (W/V) PEG 4000 0.2 M CALCIUM ACETATE, 0.1 M CACODYLATE BUFFER, PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.827 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→33.2 Å / Num. obs: 40949 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 4.05 % / Biso Wilson estimate: 15.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.64 Å / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 93.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.6→33.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1400728.89 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: SER 306 WAS THE LAST RESIDUE SEEN IN THE ELECTRON DENSITY MAP THE FOLLOWING RESIDUES HAVE BEEN MODELLED IN MULTIPLE CONFORMATIONS: 15,91,151,161,188,219,240, 249,264,503
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.8241 Å2 / ksol: 0.352013 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→33.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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