PDB-5v19: Structure-based drug design of novel ASK1 inhibitors using a full...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5v19

タイトル

Structure-based drug design of novel ASK1 inhibitors using a fully integrated lead optimization strategy

要素

Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE / METAL-BINDING / APOPTOSIS / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to reactive nitrogen species / neuron intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / IRE1-TRAF2-ASK1 complex / protein kinase complex / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / programmed necrotic cell death / JUN kinase kinase kinase activity / endothelial cell apoptotic process / positive regulation of p38MAPK cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Dougan, D.R. / Lawson, J.D. / Lane, W.

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2017
タイトル: Structure-based drug design of novel ASK1 inhibitors using an integrated lead optimization strategy.
著者: Gibson, T.S. / Johnson, B. / Fanjul, A. / Halkowycz, P. / Dougan, D.R. / Cole, D. / Swann, S.

履歴

登録	2017年3月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月12日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5v19.cif.gz	218.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5v19.ent.gz	180.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5v19.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5v19_validation.pdf.gz	450.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5v19_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	5v19_validation.xml.gz	20 KB	表示
CIF形式データ	5v19_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/5v19 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/5v19	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5v24C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xih-1 6xih-2 3zfx-5 6npv-1 1h57-d 3og7-1 6z4b-1 6tfv-2 5v24-1 5ko1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

61.4 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.595, 78.595, 433.472
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 5 / Apoptosis signal-regulating kinase 1 / ASK-1 / MAPK/ERK kinase kinase 5 / MEKK 5 分子量: 30509.900 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 670-940 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K5, ASK1, MAPKKK5, MEKK5 / プラスミド: pEH8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) pLysS 参照: UniProt: Q99683, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物	ChemComp-8V4 / N-(1-ethyl-1H-pyrazol-4-yl)furan-3-carboxamide 分子量: 205.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₁N₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.16 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 6% polyethylene glycol 2000 MME ,0.05 M ammonium sulphate, 0.1M MES, pH 6.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月6日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 15419 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.086 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 1.018 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.1-3.15	7.4	0.745	0.879	0.282	0.799	0.898	100
3.15-3.21	7.4	0.628	0.918	0.239	0.674	0.896	100
3.21-3.27	7.2	0.509	0.933	0.196	0.547	0.939	100
3.27-3.34	7.3	0.441	0.954	0.169	0.473	1.012	100
3.34-3.41	7.1	0.376	0.957	0.146	0.405	1.049	100
3.41-3.49	7.3	0.3	0.966	0.115	0.323	1.083	100
3.49-3.58	7	0.263	0.973	0.102	0.284	1.114	100
3.58-3.68	5.5	0.193	0.968	0.084	0.212	1.295	83.9
3.68-3.78	5.8	0.222	0.978	0.093	0.242	1.25	94.8
3.78-3.91	6.9	0.147	0.989	0.058	0.159	1.068	99.7
3.91-4.04	6.8	0.119	0.994	0.047	0.129	1.034	100
4.04-4.21	6.9	0.1	0.996	0.039	0.107	1.008	100
4.21-4.4	6.7	0.084	0.995	0.033	0.091	0.996	99.6
4.4-4.63	6.8	0.072	0.997	0.029	0.078	1.002	99.5
4.63-4.92	6.6	0.069	0.998	0.027	0.074	0.984	99.9
4.92-5.3	6.8	0.073	0.997	0.029	0.079	0.992	100
5.3-5.83	6.7	0.077	0.996	0.031	0.084	0.994	99.9
5.83-6.67	6.6	0.077	0.993	0.031	0.083	0.992	99.8
6.67-8.4	6.6	0.054	0.998	0.023	0.059	0.971	99.6
8.4-50	5.9	0.036	0.999	0.015	0.039	0.957	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0135	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / SU B: 50.558 / SU ML: 0.383 / SU R Cruickshank DPI: 0.4324 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.48 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2852	768	5 %	RANDOM
R_work	0.2377	-	-	-
obs	0.24	14500	98.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 277.26 Å² / B_iso mean: 114.943 Å² / B_iso min: 56.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.55 Å²	1.27 Å²	-0 Å²
2-	-	2.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4051	0	30	7	4088
B_iso mean	-	-	117.6	88.19	-
残基数	-	-	-	-	510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.019	4171
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.268	1.98	5616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.629	5	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.423	24.574	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.459	15	747
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.857	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	600
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3134

LS精密化シェル

解像度: 3.099→3.179 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	60	-
R_work	0.283	1020	-
all	-	1080	-
obs	-	-	98.27 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0402	-0.2561	-0.1881	1.9827	0.6234	3.7574	0.0295	-0.0284	-0.0137	-0.4067	0.0533	0.0652	-0.4822	0.4063	-0.0828	0.4	-0.0354	0.052	0.2216	-0.1231	0.3453	24.8725	4.5743	419.9148
2	0.0114	-0.1096	-0.0534	1.729	-0.1037	1.2786	0.0371	-0.0446	-0.002	-0.0037	0.0247	0.0802	-0.1855	0.5715	-0.0618	0.28	-0.3077	0.0652	0.4775	-0.1597	0.3363	35.0185	13.689	429.4291
3	4.3611	3.3395	0.5605	5.3688	2.5639	1.7075	0.148	0.8415	0.7244	-0.2814	0.1952	0.0372	-0.3406	-0.1851	-0.3432	0.5294	-0.0937	0.0667	0.4842	0.0949	0.4315	36.2577	25.5369	425.1227
4	1.9803	-1.5417	-1.4766	1.2092	1.1862	1.3061	0.2045	0.0478	-0.309	-0.287	-0.1088	0.1909	-0.6139	0.2399	-0.0956	1.0113	-0.6222	0.2415	0.4266	-0.2474	0.326	36.0213	28.927	442.9475
5	2.6891	-0.4591	-0.7009	2.3861	-0.3618	2.5865	-0.102	0.2694	0.2293	0.0939	0.2413	-0.1068	0.4004	-0.1844	-0.1393	0.4293	-0.1394	-0.0326	0.1323	-0.0379	0.3752	46.4374	67.3156	454.5964
6	0.9747	-0.0257	-1.1453	1.1667	-2.0126	4.9923	0.1157	0.3364	-0.073	0.0615	0.1105	0.103	-0.3239	-0.5868	-0.2262	0.3175	-0.1621	-0.0417	0.3616	0.0111	0.349	34.3924	67.3463	449.6227
7	0.3224	0.6738	-0.5996	1.874	-0.3305	3.5114	-0.0932	0.252	-0.0115	-0.0342	0.323	-0.322	0.4861	-1.0201	-0.2298	0.3254	-0.3578	-0.0746	0.5154	0.0134	0.3967	24.6121	49.879	462.7143

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	671 - 704
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	705 - 820
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	821 - 842
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	843 - 939
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	670 - 704
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	705 - 755
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	756 - 940

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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