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万見
- PDB-1h2g: Altered substrate specificity mutant of penicillin acylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h2g
タイトルAltered substrate specificity mutant of penicillin acylase
要素
  • PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT
  • PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT
キーワードHYDROLASE / AMIDOHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / ALTERED SPECIFICITY / ZYMOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin amidase activity / penicillin amidase / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #150 / Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase ...Helix Hairpins - #150 / Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin G acylase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者McVey, C.E. / Morillas, M. / Brannigan, J.A. / Ladurner, A.G. / Forney, L.J. / Virden, R.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003
タイトル: Mutations of Penicillin Acylase Residue B71 Extend Substrate Specificity by Decreasing Steric Constraints for Substrate Binding
著者: Morillas, M. / Mcvey, C.E. / Brannigan, J.A. / Ladurner, A.G. / Forney, L.J. / Virden, R.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Penicillin Acylase Has a Single-Amino-Acid Catalytic Centre
著者: Duggleby, H.J. / Tolley, S.P. / Hill, C.P. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Moody, P.C.E.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structures of Penicillin Acylase Enzyme-Substrate Complexes: Structural Insights Into the Catalytic Mechanism
著者: Mcvey, C.E. / Walsh, M.A. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Brannigan, J.A.
履歴
登録2002年8月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02003年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT
B: PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5237
ポリマ－86,2342
非ポリマー2885
水10,737596
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15930 Å2
ΔGint-116.3 kcal/mol
Surface area34630 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)52.020, 64.230, 70.670
Angle α, β, γ (deg.)70.58, 72.81, 73.84
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT / PENICILLIN AMIDOHYDROLASE / PENICILLIN G AMIDASE


分子量: 23838.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PACYC184PAC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06875, penicillin amidase
#2: タンパク質 PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT / PENICILLIN AMIDOHYDROLASE / PENICILLIN G AMIDASE


分子量: 62395.480 Da / 分子数: 1 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ENGINEERED MUTATION PHE 360 LEU / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PACYC184PAC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06875, penicillin amidase
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: 50MM MOPS PH 7.2, 12% MME PEG2K, STREAK-SEEDING
結晶化
*PLUS
pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
111 mg/mlprotein1drop
211 %(w/v)PEG2000 MME1drop
350 mMMOPS1droppH7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 50677 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2→2.43 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 80
反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 19.8 Å / % possible obs: 93 % / Num. measured all: 102704 / Rmerge(I) obs: 0.04
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 80 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Mean I/σ(I) obs: 7.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.0.36精密化
DENZOデータ削減
Agrovataデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PNK

1pnk


解像度: 2→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 10.31 / SU ML: 0.292 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.194 2536 5 %RANDOM
Rwork0.152 ---
obs-48141 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20.46 Å20.09 Å2
2---0.63 Å21.09 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6061 0 17 596 6674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0216259
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025410
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6831.9218527
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854312617
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.3683768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.99151065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2898
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027053
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3260.31332
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2380.35328
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other1.1270.52
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.5522
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.080.54
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.38
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2940.323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1490.511
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.09123804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.836136
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.11222455
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.78832391
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.214 128
Rwork0.164 2635
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 19.8 Å / Num. reflection obs: 48181 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.0194 / Rfactor Rwork: 0.0152
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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