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- PDB-1gwp: STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF THE MATURE HIV-1 CAPSID PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gwp
タイトルSTRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF THE MATURE HIV-1 CAPSID PROTEIN
要素GAG POLYPROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 CAPSID PROTEIN / AMIMO-TERMINAL CORE DOMAIN / HIV-1 CA-151 / VIRUS CAPSID PROTEIN / VIRUS MATURATION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal ...Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Tang, C. / Gitti, R.K. / Lee, B.M. / Walker, J. / Summers, M.F. / Yoo, S. / Sundquist, W.I.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of the N-Terminal 283-Residue Fragment of the Immature HIV-1 Gag Polyprotein
著者: Tang, C. / Ndassa, Y. / Summers, M.F.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Structure of the Amino-Terminal Core Domain of the HIV-1 Capsid Protein.
著者: Gitti, R.K. / Lee, B.M. / Walker, J. / Summers, M.F. / Yoo, S. / Sundquist, W.I.
履歴
登録2002年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2004年3月26日ID: 1GDS, 1GDY, 1GDZ
改定 1.12014年2月5日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22014年3月12日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAG POLYPROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7161
ポリマ－16,7161
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100LOWEST TARGET FUNCTION
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 GAG POLYPROTEIN


分子量: 16716.189 Da / 分子数: 1 / 断片: AMINO-TERMINAL CORE DOMAIN RESIDUES 132 - 282 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS TYPE 1 (NEW YORK-5 ISOLATE) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: PNL4-3 / 細胞株: CLONE 12 / プラスミド: PET11A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12493
配列の詳細GENBANK PID G902799 FOR GAG POLYPROTEIN PRECURSOR

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111HMQC-NOESY-HSQC
121HSQC HNCA
131HN(CO)CA
141HNCO
151HNHA HMQC-NOESY-HSQC
161HSQC-NOESY-HSQC
171HMQC-NOESY-HMQC
NMR実験の詳細Text: HSQC HNCA, HN(CO)CA, HNCO, HNHA HMQC-NOESY-HSQC, HSQC-NOESY-HSQC, HMQC-NOESY-HMQC

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試料調製

試料状態イオン強度: 10 mM / pH: 5.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
DYANAGUNTERT,WUTHRICH精密化
DYANA構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: TORSION ANGLE DYNAMICS FOLLOWED BY ENERGY MINIMIZATION. GUNTERT, P., MUMENTHALER, C. WUTHRICH, K. (1997). TORSION ANGLE DYNAMICS FOR NMR STRUCTURE CALCULATION WITH THE NEW PROGRAM DYANA. J. ...詳細: TORSION ANGLE DYNAMICS FOLLOWED BY ENERGY MINIMIZATION. GUNTERT, P., MUMENTHALER, C. WUTHRICH, K. (1997). TORSION ANGLE DYNAMICS FOR NMR STRUCTURE CALCULATION WITH THE NEW PROGRAM DYANA. J. MOL. BIOL. 273, 283-298.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST TARGET FUNCTION
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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