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- PDB-1l6n: STRUCTURE OF THE N-TERMINAL 283-RESIDUE FRAGMENT OF THE HIV-1 GAG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l6n
タイトルSTRUCTURE OF THE N-TERMINAL 283-RESIDUE FRAGMENT OF THE HIV-1 GAG POLYPROTEIN
要素Gag Polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / gag / matrix / capsid / maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / RNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal ...Immunodeficiency lentiviruses, gag gene matrix protein p17 / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Human Immunodeficiency Virus Type 1 Capsid Protein / Gag protein p6 / Gag protein p6 / : / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / DNA polymerase; domain 1 / Retrovirus capsid, N-terminal / zinc finger / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
データ登録者Tang, C. / Ndassa, Y. / Summers, M.F.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2002
タイトル: Structure of the N-terminal 283-residue fragment of the immature HIV-1 Gag polyprotein.
著者: Tang, C. / Ndassa, Y. / Summers, M.F.
履歴
登録2002年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gag Polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3931
ポリマ－32,3931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Gag Polyprotein


分子量: 32392.873 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-283 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 遺伝子: gag / プラスミド: p11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q72497

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2114D 13C-separated NOESY
1214D 13C/15N-separated NOESY
1343D 15N-separated NOESY
1434D 15N/15N-separated NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM U-15N,13C gag283, 50mM acetate buffer(pH5.0), 100mM NaCl, 5mM BME95% H2O/5% D2O
21mM U-15N,13C gag283, 50mM acetate buffer(pH5.0), 100mM NaCl, 5mM BME100% D2O
31mM U-15N,2H gag283, 50mM acetate buffer(pH5.0), 100mM NaCl, 5mM BME95% H2O/5% D2O
41mM U-15N gag283, 50mM acetate buffer(pH5.0), 100mM NaCl, 5mM BME95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 50 / pH: 5 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DMX / 製造業者: Bruker / モデル: DMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA1.5Guentert構造決定
NMRPipe2Delaglio解析
XwinNMR2.6collection
DYANA1.5Guentert,P., Mumenthaler,C., & Wuthrich,K.精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: 20 CONFORMERS COMPATIBLE WITH THE NMR CONSTRAINTS WERE CALCULATED USING DYANA 1.5 AND THE STANDARD TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. PRELIMINARY CALCULATIONS WERE CARRIED OUT ...詳細: 20 CONFORMERS COMPATIBLE WITH THE NMR CONSTRAINTS WERE CALCULATED USING DYANA 1.5 AND THE STANDARD TORSION ANGLE SIMULATED ANNEALING PROTOCOL. PRELIMINARY CALCULATIONS WERE CARRIED OUT INDEPENDENTLY FOR MATRIX AND CAPSID N-TERMINAL DOMAINS OF THE PROTEIN. INITIALLY ONLY NOE DISTANCE CONSTRAINTS WERE IMPOSED. UNAMBIGUOUS H-BONDS WERE ALSO INCORPORATED TO REINFORCE CANONICAL SECONDARY STRUCTURE. THE INITIAL STRUCTURES WERE THEN USED TO ASSESS THE ACCURACY OF THE TORSION ANGLE CONSTRAINTS GENERATED BY ANALYSIS OF HA, CA, CB, CO AND N CHEMICAL SHIFTS WITH THE PROGRAM TALOS. FINALLY, ALL THE CONSTRAINTS WERE USED TO CALCULATE THE STRUCTURE OF THE WHOLE PROTEIN.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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