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- PDB-6yi8: HUMAN FGFR4 KINASE DOMAIN (447-753) IN COMPLEX WITH ROBLITINIB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6yi8
タイトルHUMAN FGFR4 KINASE DOMAIN (447-753) IN COMPLEX WITH ROBLITINIB
要素Fibroblast growth factor receptor 4
キーワードTRANSFERASE / TYROSINE KINASE INHIBITOR / COVALENT REVERSIBLE INHIBITOR / FGFR4 / ROBLITINIB
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / transport vesicle / FRS-mediated FGFR4 signaling / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / glucose homeostasis / cell migration / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein autophosphorylation / receptor complex / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FGF / Fibroblast growth factor receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Ostermann, N.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Discovery of Roblitinib (FGF401) as a Reversible-Covalent Inhibitor of the Kinase Activity of Fibroblast Growth Factor Receptor 4.
著者: Fairhurst, R.A. / Knoepfel, T. / Buschmann, N. / Leblanc, C. / Mah, R. / Todorov, M. / Nimsgern, P. / Ripoche, S. / Niklaus, M. / Warin, N. / Luu, V.H. / Madoerin, M. / Wirth, J. / Graus- ...著者: Fairhurst, R.A. / Knoepfel, T. / Buschmann, N. / Leblanc, C. / Mah, R. / Todorov, M. / Nimsgern, P. / Ripoche, S. / Niklaus, M. / Warin, N. / Luu, V.H. / Madoerin, M. / Wirth, J. / Graus-Porta, D. / Weiss, A. / Kiffe, M. / Wartmann, M. / Kinyamu-Akunda, J. / Sterker, D. / Stamm, C. / Adler, F. / Buhles, A. / Schadt, H. / Couttet, P. / Blank, J. / Galuba, I. / Trappe, J. / Voshol, J. / Ostermann, N. / Zou, C. / Berghausen, J. / Del Rio Espinola, A. / Jahnke, W. / Furet, P.
履歴
登録2020年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 4
B: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1799
ポリマ－68,6852
非ポリマー1,4937
水4,288238
1
A: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1375
ポリマ－34,3431
非ポリマー7954
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0414
ポリマ－34,3431
非ポリマー6993
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)183.707, 67.198, 53.114
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 4 / FGFR-4


分子量: 34342.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P22455, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-FGF / N-[5-cyano-4-(2-methoxyethylamino)pyridin-2-yl]-7-methanoyl-6-[(4-methyl-2-oxidanylidene-piperazin-1-yl)methyl]-3,4-dihydro-2H-1,8-naphthyridine-1-carboxamide / Roblitinib / FGF-401


分子量: 506.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30N8O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.46 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: mixing 0.5 ul of protein solution (13 mg/ml in 50 mM HEPES pH 8.0, 100 mM NaCl, 3% glycerol, 1 mM TCEP and 2 mM roblitinib incubated for 1h on ice) with 0.5 ul of reservoir solution (13.5 % ...詳細: mixing 0.5 ul of protein solution (13 mg/ml in 50 mM HEPES pH 8.0, 100 mM NaCl, 3% glycerol, 1 mM TCEP and 2 mM roblitinib incubated for 1h on ice) with 0.5 ul of reservoir solution (13.5 % PEG 3350, 0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M NaAc pH 4.25)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001049042 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001049042 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→45.98 Å / Num. obs: 37439 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.17 % / Biso Wilson estimate: 41.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 19.01 / Num. measured all: 155994 / Scaling rejects: 36
反射 シェル解像度: 2.13→2.23 Å / 冗長度: 4.07 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 3.89 / Num. unique obs: 153 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.026 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.11.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TYG

4tyg


解像度: 2.13→45.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Rfactor Rfree error: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.217 / SU Rfree Blow DPI: 0.176 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.174
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1634 4.36 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.198 37437 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 137.48 Å2 / Biso mean: 45.28 Å2 / Biso min: 18.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.5945 Å20 Å20 Å2
2---2.5328 Å20 Å2
3----5.0617 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→45.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4318 0 99 238 4655
Biso mean--54.7 50.87 -
残基数----547
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1560SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes101HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes648HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4544HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion543SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5265SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4544HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg6173HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.06
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.08
LS精密化 シェル解像度: 2.13→2.19 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 122 4.42 %
Rwork0.227 2639 -
all0.231 2761 -
obs--95.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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