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万見
- PDB-1gmg: ALANINE 31 PROLINE MUTANT OF ROP PROTEIN, MONOCLINIC FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gmg
タイトルALANINE 31 PROLINE MUTANT OF ROP PROTEIN, MONOCLINIC FORM
要素REGULATORY PROTEIN ROP
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Glykos, N.M. / Kokkinidis, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure Determination of a Small Protein Through a 23-Dimensional Molecular-Replacement Search.
著者: Glykos, N.M. / Kokkinidis, M.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Protein Plasticity to the Extreme: Changing the Topology of a 4-Alpha-Helical Bundle with a Single Amino-Acid Substitution
著者: Glykos, N.M. / Cesareni, G. / Kokkinidis, M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Meaningful Refinement of Poly-Alanine Models Using Rigid-Body Simulated Annealing : Application to the Structure Determination of the A31P Rop Mutant
著者: Glykos, N.M. / Kokkinidis, M.
履歴
登録2001年9月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: REGULATORY PROTEIN ROP
B: REGULATORY PROTEIN ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5262
ポリマ－14,5262
非ポリマー00
水1,65792
1
A: REGULATORY PROTEIN ROP

A: REGULATORY PROTEIN ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5262
ポリマ－14,5262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PQS
2
B: REGULATORY PROTEIN ROP

B: REGULATORY PROTEIN ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5262
ポリマ－14,5262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)94.390, 24.250, 64.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2045-

HOH

21A-2046-

HOH

31B-2035-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99579, 0.02097, 0.0892), (-0.01906, -0.99957, 0.02217), (0.08963, 0.02038, 0.99577)
ベクター: -23.32356, 28.6406, -23.16492)
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT CONTAINS TWOCRYSTALLOGRAPHICALLY INDEPENDENT MONOMERS (HALF BUNDLES).THE TWO COMPLETE 4-ALPHA-HELICAL BUNDLES ARE FORMED THROUGHTHE APPLICATION OF CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATORSCORRESPONDING TO THE TWO-FOLD AXES (PARALLEL TO Y) ATX=0.00, Z= 0.00 AND AT X=0.50, Z=0.50.THE CHAIN IN THE COMPLEX ARE 1268.5 ANGSTROM**2AND 1158. 3 ANGSTROM**2

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要素

#1: タンパク質 REGULATORY PROTEIN ROP / RNA ONE MODULATOR / ROM


分子量: 7263.076 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: 71/72 (71/18 PLUS PCI857)URCE 8 / プラスミド: PEX43 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03051
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN A, B ENGINEERED MUTATION ALA31PRO

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
解説: THE STRUCTURE WAS DETERMINED THROUGH A 23-DIMENSIONAL MOLECULAR REPLACEMENT SEARCH PERFORMED WITH THE PROGRAM QUEEN OF SPADES AND USING AS A SEARCH MODEL ONE POLY-ALANINE HELIX ACCOUNTING FOR ...解説: THE STRUCTURE WAS DETERMINED THROUGH A 23-DIMENSIONAL MOLECULAR REPLACEMENT SEARCH PERFORMED WITH THE PROGRAM QUEEN OF SPADES AND USING AS A SEARCH MODEL ONE POLY-ALANINE HELIX ACCOUNTING FOR 13% OF THE TOTAL NUMBER OF ATOMS.
結晶化pH: 4.8
詳細: 37% (V/V) ETHANOL, 450 MM NACL, 50 MM CITRATE BUFFER PH4.8, 1MM EDTA, USING THE DIALYSIS METHOD., pH 4.80
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: Glykos, N.M., (1999) Acta Cryst., D55, 1301.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年11月15日 / 詳細: YALE MIRRORS
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→36 Å / Num. obs: 8771 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.291 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 91.6
反射
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 36 Å
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Queen of Spades位相決定
X-PLOR位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: POLY-ALANINE MODEL OF ONE HELIX (RESIDUES 4-29) FROM PDB ENTRY 1RPO

1rpo


解像度: 1.9→36 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT TWO-LINE WEIGHTING SCHEME (DAVID SMITH, G. (1997), ACTA CRYST. D53, PP.41-48).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 489 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 8771 96.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7123 Å20 Å20 Å2
2--1.7505 Å20 Å2
3----4.4628 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å / Luzzati d res low obs: 36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数851 0 0 92 943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.864
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it3.031
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it7.957
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 69 5 %
Rwork0.192 953 -
obs--91.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PROTEIN_REP.PARAM
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 36 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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