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- PDB-1b6q: ALANINE 31 PROLINE MUTANT OF ROP PROTEIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1b6q
タイトルALANINE 31 PROLINE MUTANT OF ROP PROTEIN
要素ROP
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性Helix Hairpins - #230 / Regulatory protein Rop / Rop-like superfamily / Rop protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Regulatory protein rop
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Glykos, N. / Cesareni, G. / Kokkinidis, M.
引用
ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Protein plasticity to the extreme: changing the topology of a 4-alpha-helical bundle with a single amino acid substitution.
著者: Glykos, N.M. / Cesareni, G. / Kokkinidis, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Meaningful Refinement of Poly-Alanine Models Using Rigid-Body Simulated Annealing : Application to the Structure Determination of the A31P Rop Mutant
履歴
登録1999年1月16日処理サイト: BNL
改定 1.01999年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.42018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.62023年8月2日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.72024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2631
ポリマ－7,2631
非ポリマー00
水99155
1
A: ROP

A: ROP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5262
ポリマ－14,5262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3070 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area7350 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)30.400, 42.100, 81.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

HOH

21A-143-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ROP / ROM


分子量: 7263.076 Da / 分子数: 1 / 変異: A31P / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: ROP / プラスミド: PEX43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 71/72 (71/18 PLUS PCI857) / 参照: UniProt: P03051
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 %
結晶化pH: 4.3 / 詳細: pH 4.3
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 5.4 / PH range high: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
115 mg/mlprotein1drop
2100 mMsodium acetate1drop
3100 mMammonium sulfate1drop
41.6 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.825 Å / Num. obs: 5103 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / % possible all: 99.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
CAD4データ削減
CAD4データスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: POLY-ALANINE MODEL FROM PDB ENTRY 1ROP

1rop


解像度: 1.8→40.825 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: RESOLUTION-DEPENDENT TWO-LINE WEIGHTING SCHEME AS SUGGESTED BY DAVID SMITH, PROCEEDINGS OF THE CCP4 STUDY WEEKEND, 1996.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 286 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.189 5103 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.2422 Å20 Å20 Å2
2---1.7673 Å20 Å2
3----4.4617 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å / Luzzati d res low obs: 40.8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数440 0 0 55 495
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0.909
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.53
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.73
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.88 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4 31 5 %
Rwork0.332 588 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1TOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3PROTEIN_REP.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.188
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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