PDB-4uey: Structure of the periplasmic domain PhoQ double mutant (W104C-A128C)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uey

タイトル

Structure of the periplasmic domain PhoQ double mutant (W104C-A128C)

要素

PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / PHOQ / PERIPLASMIC DOMAIN / HAMP DOMAIN / HISTIDINE KINASE

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / phosphoprotein phosphatase activity / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

SALMONELLA ENTERICA (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sancho-Vaello, E. / Hicks, K.G. / Miller, S.I. / Zeth, K.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Acidic pH and divalent cation sensing by PhoQ are dispensable for systemic salmonellae virulence.
著者: Hicks, K.G. / Delbecq, S.P. / Sancho-Vaello, E. / Blanc, M.P. / Dove, K.K. / Prost, L.R. / Daley, M.E. / Zeth, K. / Klevit, R.E. / Miller, S.I.

履歴

登録	2014年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type
改定 1.2	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uey.cif.gz	185.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uey.ent.gz	149.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uey.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uey	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2nyc-d 2bep-d 5w2l-2 3a4s-2 1z3d-d 1vwn-d 2kxs-d 1vwm-d 7c7e-d 4ygu-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (5) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT

B: PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT

C: PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT

53.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT

ソフトウェアが定義した集合体
17.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.035, 45.371, 81.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-80- MET

#1: タンパク質	PHOQ PERIPLASMIC DOMAIN DOUBLE MUTANT 分子量: 17838.201 Da / 分子数: 3 / 断片: PHOQ DOMAIN, UNP RESIDUES 45-190 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SALMONELLA ENTERICA (サルモネラ菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P0DM80
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.94 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 35731 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 1.6 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 40.22 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→31.246 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2664	1778	5 %
R_work	0.2306	-	-
obs	0.2324	35633	98.17 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.246 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3379	0	0	138	3517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3460
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.217	4705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.784	1306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	559
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	599

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9003-1.9516	0.4404	129	0.3817	2452	X-RAY DIFFRACTION	94
1.9516-2.009	0.3392	135	0.3309	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.009-2.0739	0.3567	137	0.2813	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0739-2.148	0.2966	137	0.2704	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
2.148-2.234	0.3036	135	0.2591	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
2.234-2.3356	0.3261	139	0.2613	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3356-2.4587	0.2941	135	0.2493	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4587-2.6127	0.2654	138	0.2515	2619	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6127-2.8143	0.3329	139	0.2594	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8143-3.0973	0.3364	137	0.2614	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0973-3.5449	0.2936	137	0.2356	2595	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5449-4.4641	0.2033	137	0.1979	2618	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4641-31.2505	0.223	143	0.1987	2698	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.2018	0.0048	-0.256	2.6811	0.2466	6.0402	-0.1471	-0.4813	0.0185	0.2509	0.1809	-0.3343	-0.4114	0.6336	-0.0021	0.2704	-0.1038	-0.0205	0.4217	-0.0195	0.3	22.5403	4.8366	20.2134
2	4.7842	-1.7138	1.2533	5.8752	-1.0079	3.3775	0.2862	0.3639	-0.5025	0.0414	-0.4438	-0.5633	0.6133	0.712	-0.0333	0.3329	-0.0385	-0.0091	0.4349	-0.0675	0.395	28.0937	-8.965	12.0914
3	3.4821	-1.9367	0.5872	4.7187	-0.8412	3.7311	0.1497	-0.0485	-0.1499	-0.1477	-0.1704	-0.1572	-0.0616	0.2182	-0.0504	0.123	-0.1063	0.0068	0.2291	0.0283	0.2188	21.1448	-1.7608	12.8359
4	3.8044	-0.2033	1.556	1.149	0.0532	2.9002	0.1678	0.0122	0.1555	-0.078	-0.044	0.096	-0.4014	-0.2801	-0.0792	0.3832	-0.032	0.0342	0.4696	-0.0174	0.2044	-0.2307	4.6839	32.41
5	5.0756	0.6148	-1.6673	2.2989	-0.7568	4.8044	-0.0672	-0.6107	-0.3594	0.2886	-0.1329	-0.0977	0.1203	0.5523	0.1753	0.2389	-0.0217	0.0089	0.3976	-0	0.1778	6.4207	-2.3537	43.7763
6	6.4456	0.5721	-0.7269	4.2985	0.2996	9.4294	-0.0682	-0.4136	-0.397	0.3831	0.3275	-0.3862	-0.5236	0.4464	-0.4037	0.1612	0.0329	-0.0087	0.243	-0.0277	0.2024	0.763	4.5058	16.3117
7	3.4748	0.671	1.6114	8.2466	-3.1517	5.1578	0.0085	0.3352	0.5731	0.1725	0.1969	0.5496	-2.0743	-0.0312	-0.3556	0.8154	-0.0308	0.2055	0.4896	0.0554	0.3531	-1.4274	15.628	4.8993
8	3.1032	3.8439	-2.0825	6.8703	-0.363	3.708	-0.2093	0.81	-0.3305	-0.1732	0.5663	1.0356	0.5006	-0.1634	-0.2135	0.4165	0.0237	-0.0566	0.4878	0.0897	0.4637	6.0722	-1.6691	4.3123
9	2.6694	1.2402	0.7257	1.1664	-0.6858	4.2937	0.0298	0.1015	0.2379	-0.0278	-0.0528	0.1876	-0.3568	-0.5103	-0.008	0.244	0.1077	0.0046	0.2204	0.0173	0.233	-11.244	5.0421	11.3641
10	3.0253	0.8617	1.7803	5.0131	3.0165	7.698	0.2358	-0.3219	-0.5195	-0.0489	0.0949	0.3294	0.4892	-1.2322	-0.3995	0.3371	0.0257	-0.0037	0.2983	0.1255	0.3214	-15.2859	-6.9091	11.2912
11	6.871	2.1478	-0.0518	2.6127	-1.7386	1.8481	-0.9684	1.4734	-0.5901	-1.6833	0.5333	0.6842	1.5167	-0.1044	0.3429	1.2355	-0.0501	-0.1192	0.5334	-0.0385	0.6115	-12.4875	-17.7948	2.6861
12	4.5119	2.3392	-0.5384	7.851	0.5339	5.6012	-0.4007	-0.133	-0.0768	-1.3651	0.3106	0.2866	-0.3332	-0.1677	0.0541	0.3385	0.0736	-0.0137	0.1546	0.0483	0.2062	-9.33	2.1466	15.281
13	3.2708	1.1957	0.3669	3.4357	-0.4919	3.9692	0.3152	-0.2458	-0.1305	0.3861	-0.2629	0.2845	0.7669	-0.3428	-0.0645	0.2927	0.0451	-0.0017	0.1484	-0.006	0.2641	-8.1485	-5.9336	14.1997

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 48 THROUGH 108 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 109 THROUGH 149 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 150 THROUGH 187 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 47 THROUGH 83 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 84 THROUGH 186 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'C' AND (RESID 47 THROUGH 66 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'C' AND (RESID 67 THROUGH 72 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'C' AND (RESID 73 THROUGH 83 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 84 THROUGH 117 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 118 THROUGH 132 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 133 THROUGH 149 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 150 THROUGH 172 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 173 THROUGH 186 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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