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万見
- PDB-1gkf: Crystal structures of penicillin acylase enzyme-substrate complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1gkf
タイトルCrystal structures of penicillin acylase enzyme-substrate complexes: Structural insights into the catalytic mechanism
要素
  • PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT
  • PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT
キーワードHYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin amidase activity / penicillin amidase / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #150 / Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase ...Helix Hairpins - #150 / Penicillin G acylase, C-terminal / Penicillin Amidohydrolase, domain 1 / Penicillin Amidohydrolase; domain 1 / Penicillin amidase (Acylase) alpha subunit, N-terminal domain / Aminohydrolase, alpha-helical knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL acylase / Penicillin G acylase, beta-roll domain / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain, beta-sheet knob region / Penicillin/GL-7-ACA/AHL/aculeacin-A acylase / Penicillin amidase type, domain 1 / Penicillin amidase type, N-terminal domain, B-knob / Penicillin amidase type, A-knob / Penicillin amidase / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Helix Hairpins / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Penicillin G acylase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者McVey, C.E. / Walsh, M.A. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Brannigan, J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal Structures of Penicillin Acylase Enzyme- Substrate Complexes: Structural Insights Into the Catalytic Mechanism
著者: Mcvey, C.E. / Walsh, M.A. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Brannigan, J.A.
#1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1990
タイトル: Expression, Purification and Crystallisation of Penicillin G Acylase from Escherichia Coli Atcc 11105
著者: Hunt, P.D. / Tolley, S.P. / Ward, R.J. / Hill, C.P. / Dodson, G.G.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1995
タイトル: Penicillin Acylase Has a Single-Amino-Acid Catalytic Centre
著者: Duggleby, H.J. / Tolley, S.P. / Hill, C.P. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Moody, P.C.E.
履歴
登録2001年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月7日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32025年4月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT
B: PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,21316
ポリマ－91,3662
非ポリマー84714
水16,232901
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.200, 131.700, 63.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PENICILLIN G ACYLASE ALPHA SUBUNIT / PENICILLIN AMIDOHYDROLASE / NTN / PENICILLIN G AMIDASE / PENICILLIN G AMIDOHYDROLASE


分子量: 28979.695 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL NUCLEOPHILE DOMAIN RESIDUES 29-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: PAC / プラスミド: PACYC184PAC / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 遺伝子 (発現宿主): PAC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06875, penicillin amidase
#2: タンパク質 PENICILLIN G ACYLASE BETA SUBUNIT


分子量: 62386.473 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 287-846 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: PAC / プラスミド: PACYC184PAC / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 遺伝子 (発現宿主): PAC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06875, penicillin amidase
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 901 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CHAIN B ENGINEERED MUTATION ASN530ALA
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 %
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50
結晶化
*PLUS
温度: 291 K / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: McVey, C.E., (1997) Acta Crystallog., D53, 777.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
250 mMMOPS1droppH7.2
350 mMMOPS1reservoirpH7.2
410-12 %PEG2000 MME1reservoir
520-25 %ethylene glycol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.89
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→25 Å / Num. obs: 152163 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.41→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 82.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 361905
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.41→25 Å / SU B: 0.83 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 4584 3 %RANDOM
Rwork0.148 ---
obs-147544 97.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 14.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6075 0 53 901 7029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0180.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0310.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0380.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5093
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.9875
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.3957
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.25310
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02550.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1310.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Rfactor obs: 0.149 / Rfactor Rfree: 0.169
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.032

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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