+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1gkf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structures of penicillin acylase enzyme-substrate complexes: Structural insights into the catalytic mechanism | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | HYDROLASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE | ||||||
機能・相同性 | ![]() penicillin amidase / penicillin amidase activity / antibiotic biosynthetic process / periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | McVey, C.E. / Walsh, M.A. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Brannigan, J.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of Penicillin Acylase Enzyme- Substrate Complexes: Structural Insights Into the Catalytic Mechanism 著者: Mcvey, C.E. / Walsh, M.A. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Brannigan, J.A. #1: ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1990 タイトル: Expression, Purification and Crystallisation of Penicillin G Acylase from Escherichia Coli Atcc 11105 著者: Hunt, P.D. / Tolley, S.P. / Ward, R.J. / Hill, C.P. / Dodson, G.G. #2: ![]() タイトル: Penicillin Acylase Has a Single-Amino-Acid Catalytic Centre 著者: Duggleby, H.J. / Tolley, S.P. / Hill, C.P. / Dodson, E.J. / Dodson, G. / Moody, P.C.E. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 188.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 153.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28979.695 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL NUCLEOPHILE DOMAIN RESIDUES 29-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 62386.473 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 287-846 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-CA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN B ENGINEERED | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.81 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 291 K / pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: McVey, C.E., (1997) Acta Crystallog., D53, 777. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.89 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.4→25 Å / Num. obs: 152163 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.41→1.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 82.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 361905 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 95.9 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.41→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / Rfactor obs: 0.149 / Rfactor Rfree: 0.169 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|