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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ggc | ||||||
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タイトル | MAJOR ANTIGEN-INDUCED DOMAIN REARRANGEMENTS IN AN ANTIBODY | ||||||
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![]() | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / early endosome to late endosome transport / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / regulation of proteolysis / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / positive regulation of endocytosis / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / multivesicular body / complement activation, classical pathway / antigen binding / response to bacterium / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Takimoto-Kamimura, M. / Wilson, I.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Major antigen-induced domain rearrangements in an antibody. 著者: Stanfield, R.L. / Takimoto-Kamimura, M. / Rini, J.M. / Profy, A.T. / Wilson, I.A. #1: ![]() タイトル: Crystal Structure of a Human Immunodeficiency Virus Type 1 Neutralizing Antibody, 50.1, In Complex with its V3 Loop Peptide Antigen 著者: Rini, J.M. / Stanfield, R.L. / Stura, E.A. / Salinas, P.A. / Profy, A.T. / Wilson, I.A. #2: ![]() タイトル: Crystallization, Sequence, and Preliminary Crystallographic Data for an Antipeptide Fab 50.1 And Peptide Complexes with the Principal Neutralizing Determinant of HIV-1 Gp120 著者: Stura, E.A. / Stanfield, R.L. / Fieser, G.G. / Silver, S. / Roguska, M. / Hincapie, L.M. / Simmerman, H.K.B. / Profy, A.T. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 72.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 377.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 396.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO L 8 2: GLN L 42 - PRO L 43 OMEGA =146.05 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: CIS PROLINE - PRO L 77 / 4: CIS PROLINE - PRO L 95 / 5: CIS PROLINE - PRO L 141 / 6: CIS PROLINE - PRO H 149 / 7: CIS PROLINE - PRO H 151 / 8: CIS PROLINE - PRO H 200 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23647.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 23129.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
配列の詳細 | THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E.KABAT (E.A.KABAT, T.T.WU, M.REID-MILLER, H.M. ...THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.86 % | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法詳細: referred to 'Stura, E.A.', (1992) 'Proteins.Struct.,Funct., Genet.', 14, 499-508 | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / % possible obs: 75 % / Rmerge(I) obs: 0.096 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.19 / Rfactor obs: 0.19 / 最高解像度: 2.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.8 Å / Rfactor obs: 0.19 / 最低解像度: 10 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d |