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- PDB-1g0b: CARBONMONOXY LIGANDED EQUINE HEMOGLOBIN PH 8.5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1g0b
タイトルCARBONMONOXY LIGANDED EQUINE HEMOGLOBIN PH 8.5
要素
  • HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
  • HEMOGLOBIN BETA CHAIN
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / equine / hemoglobin / liganded / carbonmonoxy / protoporphyrin IX / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mueser, T.C. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Interface sliding as illustrated by the multiple quaternary structures of liganded hemoglobin.
著者: Mueser, T.C. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1977
タイトル: The structure of horse methaemoglobin at 2-0 A resolution.
著者: Ladner, R.C. / Heidner, E.J. / Perutz, M.F.
履歴
登録2000年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月10日Group: Other
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52025年3月12日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_entry_details / Item: _pdbx_database_related.content_type
Remark 999SEQUENCE The sequence is the same as in pdb entry 2MHB. This 1g0b structure is a re-refined ...SEQUENCE The sequence is the same as in pdb entry 2MHB. This 1g0b structure is a re-refined structure of R.C.LADNER,E.G.HEIDNER,M.F.PERUTZ from 1977.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4606
ポリマ－31,1712
非ポリマー1,2894
水1,29772
1
A: HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子

A: HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN
B: HEMOGLOBIN BETA CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,91912
ポリマ－62,3414
非ポリマー2,5788
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)108.800, 63.200, 54.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a tetramer constructed from the heterodimer of chain A (alpha) and chain B (beta) and a symmetry related heterodimer of chain A (alpha) and chain B (beta)

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN ALPHA CHAIN


分子量: 15138.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P01958
#2: タンパク質 HEMOGLOBIN BETA CHAIN


分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 組織: BLOOD / 参照: UniProt: P02062
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.33 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2MHB.
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
12.0 Mammonium sulfate1reservoir
2100 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
Num. measured all: 316145
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MERLOT位相決定
PROLSQ精密化
精密化解像度: 1.9→8 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rwork0.178 --
all0.178 25687 -
obs0.178 25529 99.38 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2203 0 90 72 2365
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.1
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.024
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 24.8 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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