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- PDB-1fvd: X-RAY STRUCTURES OF THE ANTIGEN-BINDING DOMAINS FROM THREE VARIAN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fvd
タイトルX-RAY STRUCTURES OF THE ANTIGEN-BINDING DOMAINS FROM THREE VARIANTS OF HUMANIZED ANTI-P185-HER2 ANTIBODY 4D5 AND COMPARISON WITH MOLECULAR MODELING
要素
  • IGG1-KAPPA 4D5 FAB (HEAVY CHAIN)
  • IGG1-KAPPA 4D5 FAB (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / :
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Eigenbrot, C. / Presta, L. / Randal, M. / Kossiakoff, A.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: X-ray structures of the antigen-binding domains from three variants of humanized anti-p185HER2 antibody 4D5 and comparison with molecular modeling.
著者: Eigenbrot, C. / Randal, M. / Presta, L. / Carter, P. / Kossiakoff, A.A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Humanization of an Anti-P185-Her2 Antibody for Human Cancer Therapy
著者: Carter, P. / Presta, L. / Gorman, C.M. / Ridgway, J.B. / Henner, D. / Wong, W.L.T. / Rowland, A.M. / Kotts, C. / Carver, M.E. / Shepard, H.M.
履歴
登録1992年10月20日処理サイト: BNL
改定 1.01993年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Advisory / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年11月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IGG1-KAPPA 4D5 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG1-KAPPA 4D5 FAB (HEAVY CHAIN)
C: IGG1-KAPPA 4D5 FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG1-KAPPA 4D5 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3094
ポリマ－94,3094
非ポリマー00
水3,585199
1
A: IGG1-KAPPA 4D5 FAB (LIGHT CHAIN)
B: IGG1-KAPPA 4D5 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1552
ポリマ－47,1552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
2
C: IGG1-KAPPA 4D5 FAB (LIGHT CHAIN)
D: IGG1-KAPPA 4D5 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1552
ポリマ－47,1552
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.200, 80.200, 86.100
Angle α, β, γ (deg.)113.10, 92.70, 102.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: RESIDUES 8, 95, 141 OF CHAINS A AND C AND RESIDUES 154 AND 156 OF CHAINS B AND D ARE CIS PROLINES.
2: 127 ATOMS OF THE FINAL MODEL WERE ASSIGNED AN OCCUPANCY OF ZERO. THEY ARE IN CDR-H3, THE C-TERMINAL REGIONS, AND A CONSTANT DOMAIN LOOP REGION.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99983, 0.0176, -0.00577), (0.01451, 0.55092, -0.83443), (-0.0115, -0.83437, -0.55108)
ベクター: 92.98331, 67.76248, 128.50787)
詳細THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAINS *A* AND *B* WHEN APPLIED TO CHAINS *C* AND *D*.

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要素

#1: 抗体 IGG1-KAPPA 4D5 FAB (LIGHT CHAIN)


分子量: 23431.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EMBL: X95750
#2: 抗体 IGG1-KAPPA 4D5 FAB (HEAVY CHAIN)


分子量: 23722.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: EMBL: Y14735
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE RESIDUE NUMBERING IS SEQUENTIAL WITHIN EACH CHAIN. THE SEQUENTIAL NUMBERING OF THE LIGHT CHAIN ...THE RESIDUE NUMBERING IS SEQUENTIAL WITHIN EACH CHAIN. THE SEQUENTIAL NUMBERING OF THE LIGHT CHAIN CORRESPONDS TO THE KABAT NUMBERING SCHEME. THE FOLLOWING IS THE RELATIONSHIP OF THE SEQUENTIAL NUMBERING SCHEME OF THE HEAVY CHAIN TO THE KABAT NUMBERING SCHEME: ENTRY KABAT 1-52 1-52 53 52A 54-83 53-82 84-86 82A,82B,82C 87-104 83-100 105-107 100A,100B,100C 108-223 101-216

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
215 %(w/v)PEG34001reservoir
350 mMimidazole malate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 27905 / Observed criterion σ(I): 0 / Num. measured all: 50304 / Rmerge(I) obs: 0.119

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.5→10 Å / Rfactor Rwork: 0.179 / Rfactor obs: 0.179 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6632 0 0 199 6831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 26210 / σ(F): 2 / Rfactor obs: 0.179
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d3.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.71
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.51.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it4.21.5
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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