[日本語] English
万見
- PDB-1flr: 4-4-20 FAB FRAGMENT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1flr
タイトル4-4-20 FAB FRAGMENT
要素(4-4-20 (IG*G2A=KAPPA=) FAB FRAGMENT) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport ...positive regulation of B cell activation / phagocytosis, recognition / early endosome to late endosome transport / humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / immunoglobulin complex, circulating / phagocytosis, engulfment / endosome to lysosome transport / antigen processing and presentation / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of endocytosis / regulation of proteolysis / complement activation, classical pathway / antigen binding / multivesicular body / positive regulation of phagocytosis / response to bacterium / positive regulation of immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / : / Immunoglobulin heavy constant gamma 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Whitlow, M.
引用
ジャーナル: Protein Eng. / 年: 1995
タイトル: 1.85 A structure of anti-fluorescein 4-4-20 Fab.
著者: Whitlow, M. / Howard, A.J. / Wood, J.F. / Voss Jr., E.W. / Hardman, K.D.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1989
タイトル: Three-Dimensional Structure of a Fluorescein-Fab Complex Crystallized in 2-Methyl-2,4-Pentanediol
著者: Herron, J.N. / He, X. / Mason, M.L. / Voss Junior, E.W. / Edmundson, A.B.
#2: ジャーナル: Proteins / 年: 1988
タイトル: Differences in Crystal Properties and Ligand Affinities of an Antifluorescyl Fab (4-4-20) in Two Solvent Systems
著者: Gibson, A.L. / Herron, J.N. / He, X.-M. / Patrick, V.A. / Mason, M.L. / Lin, J.-N. / Kranz, D.M. / Voss Junior, E.W. / Edmundson, A.B.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1989
タイトル: Comparison of Variable Region Primary Structures within an Anti-Fluorescein Idiotype Family
著者: Bedzyk, W.D. / Johnson, L.S. / Riordon, G.S. / Voss, E.W.
履歴
登録1995年1月19日処理サイト: BNL
改定 1.01995年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: 4-4-20 (IG*G2A=KAPPA=) FAB FRAGMENT
H: 4-4-20 (IG*G2A=KAPPA=) FAB FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4803
ポリマ－48,1482
非ポリマー3321
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4580 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.750, 43.870, 58.170
Angle α, β, γ (deg.)95.15, 86.85, 98.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 100 / 3: CIS PROLINE - PRO L 146 / 4: CIS PROLINE - PRO H 152 / 5: CIS PROLINE - PRO H 194 / 6: WATER MOLECULE 870 IS DISORDERED.

-
要素

#1: 抗体 4-4-20 (IG*G2A=KAPPA=) FAB FRAGMENT


分子量: 24173.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: LYMPHOCYTE-PLASMA CELL / 細胞株: 4-4-20 MURINE-MURINE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / Variant: BALB/CV / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 1589925
#2: 抗体 4-4-20 (IG*G2A=KAPPA=) FAB FRAGMENT


分子量: 23973.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: LYMPHOCYTE-PLASMA CELL / 細胞株: 4-4-20 MURINE-MURINE HYBRIDOMA / 器官: SPLEEN / Variant: BALB/CV / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P01865
#3: 化合物 ChemComp-FLU / 2-(6-HYDROXY-3-OXO-3H-XANTHEN-9-YL)-BENZOIC ACID / FLUORESCEIN / 2-(3-オキソ-6-ヒドロキシ-3H-キサンテン-9-イル)安息香酸


分子量: 332.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H12O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化
*PLUS
温度: 15 ℃ / 手法: unknown
詳細: Gibson, A.L., (1988) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 3, 155.
PH range low: 7.3 / PH range high: 6.8
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mMsodium phosphate11
214-30 mg/mlprotein11
325-50 %(w/v)PEG335012

-
データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1988年10月21日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 29963 / % possible obs: 70 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.041
反射
*PLUS
最高解像度: 1.79 Å / Num. measured all: 76616 / Rmerge(I) obs: 0.041

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
PROFFT精密化
XENGENデータ削減
精密化解像度: 1.85→10 Å / σ(F): 2
詳細: RESIDUES CYS H 133 TO GLY H 138 ARE IN WEAK ELECTRON DENSITY. THERE IS A DISCONTINUITY IN THE ELECTION DENSITY MAP BETWEEN RESIDUES VAL H 132 AND CYS H 133. THE RESULTING COORDINATES, AS ...詳細: RESIDUES CYS H 133 TO GLY H 138 ARE IN WEAK ELECTRON DENSITY. THERE IS A DISCONTINUITY IN THE ELECTION DENSITY MAP BETWEEN RESIDUES VAL H 132 AND CYS H 133. THE RESULTING COORDINATES, AS PRESENTED IN THIS ENTRY, CONTAIN TWO POSITIONS FOR N CYS H 133, ONE OF WHICH IS PROPERLY CONNECTED TO C VAL H 132 BUT QUITE DISTANT (5.58 ANGSTROMS) FROM CA CYS H 133. THE OTHER POSITION FOR N CYS H 133 IS PROPERLY CONNECTED TO CA H 133 BUT QUITE DISTANT (4.51 ANGSTROMS) FROM C VAL H 132.
Rfactor反射数
obs0.188 26328
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3350 0 25 290 3665
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.015
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0470.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it16.8711
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it17.1071.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it19.1441.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it20.5062
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1910.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1910.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2710.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.3050.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.63
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor21.415
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor26.220
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る